我有两证合一，骑无牌摩托车被交警抓了，会不会扣分啊？

肯定有影响。驾驶证合本后违章是对整个驾驶证的记分、处罚，当然有影响。
1、无证、无牌，都属于违反《道路交通安全法》的行为，要负违法责任。驾驶无牌车辆：罚款200元，暂扣车辆。
2、所扣车辆需等驾驶者取得驾驶证或是由有证人领取，若由有证人领取，该人要接受以下处罚：罚款2000元、吊销驾驶证。
3、若三个月内未能领回被扣车辆，该车辆将被拍卖，所得款项上缴国库。
C1本原来是12分，D原来也是12分，C1和D合并后只有12分，所以摩托车闯红灯是扣总本的分，吊销驾驶证也是吊销合并证。