应该是国务院。
引用：
中国航天科技集团公司源于1956年10月8日成立的国防部第五研究院，经过第七机械工业部、航天工业部、航空航天工业部、中国航天工业总公司的历史沿革，经国务院批准，于1999年7月1日正式组建成立。
一、国防部第五研究院时期（1956.10---1964.11）
1956年10月8日，我国第一个导弹研究机构----国防部第五研究院正式成立。钱学森、刘亚楼、王秉璋先后任国防部第五研究院院长。
二、第七机械工业部时期（1964.11-1982.4）
1964年12月26日，三届全国人大一次会议通过成立第七机械工业部的决议。王秉璋、汪洋、宋任穷、郑天翔先后任第七机械工业部部长。
三、航天工业部时期(1982.4-1988.7)
1982年3月8日，五届全国人大常委会第22次会议通过关于国务院机构改革问题的决议，第七机械工业部改称为航天工业部。张钧、李绪鄂先后任航天工业部部长。
四、航空航天工业部时期（1988.7—1993.6）
1988年4月9日，七届全国人大一次会议通过国务院机构改革方案，决定撤销航空工业部和航天工业部，组建航空航天工业部。林宗棠任航空航天部部长。
五、中国航天工业总公司时期（1993.6—1999.7）
1993年3月22日，八届全国人大一次会议批准撤销航空航天工业部，分别成立中国航空工业总公司和中国航天工业总公司（国家航天局）。1993年6月，中国航天工业总公司（国家航天局）正式成立，刘纪原任总经理（国家航天局局长）。
六、中国航天科技集团公司（1999.7— ）
1999年7月1日，根据九届全国人大一次会议精神，经国务院批准，中国航天科技集团公司正式成立。国务院任命王礼恒为中国航天科技集团公司总经理。2001年12月，国务院任命张庆伟为中国航天科技集团公司总经理。2007年8月，国务院任命马兴瑞为中国航天科技集团公司总经理。
