你这个问题不是太清楚，所以我分两种情况来回答：
“两个文件夹存着程序”的意思是有两个tomcat，每个tomcat放置了一个程序:
这种情况，当你启动其中一个tomcat的时候，另一个就启动不起来了，端口冲突，你需要在tomcat文件夹下conf/server.xml 中，修改其中一个tomcat的端口号，使两个tomcat占用端口不同，就OK了
“两个文件夹存着程序”的意思是一个tomcat中，分别部署了两个不同的项目：
tomcat部署的项目，需要放在tomcat文件夹下的/webapps/目录下, 目录结构为：
tomcat/webapps/项目A、项目B， 其中项目A，项目B的文件夹名就是项目名，不能有中文，每个项目都要符合web项目的格式，启动tomcat后，通过http://localhost:8888/项目A/jsp文件名 或者 http://localhost:8888/项目B/jsp文件名，来访问不同的项目
