二本院校和三本院校区别很大。主要区别是二本为公办、三本院校为民办院校。
普通二本大学指的是录取批次放在第二批的大学，每个省的情况都不一样。比如山东师范大学，在外省是放在普通二本批次录取的，但是在山东本省就是一本（包括重点本、普通1本)录取。但总体上说，一本大学（包括重点本、普通1本)大都是部委直属大学或者“211工程”大学，而普通二本大学大多为省属大学或者非“211工程”大学，二者在师资、硬件等方面还是有一定差距的。这也是为什么大家都追捧一本大学的主要原因。相对来说，考上一本大学（包括重点本、普通1本)的学生毕竟是少数，更多的同学读的是普通二本、普通三本大学。纵观全国的高考形势，重点大学停止扩招而高考报名人数不断攀升，预示着普通二本、普通三本大学将成为高考战场上的热点。
第三批本科
即三本高考中本科按录取批次划分为三个批次，一本为第一批次、二本为第二批次、三本为第三批次，每年三本线有考生总成绩而有所不同。也是指三本院校，一般“三本”本科高校包括：1、独立学院==独立二级学院（公、民合办，民企出资，属于民办范畴）、2、民办普通本科高校。（私办、私人出资）、3、合作办学本科高校。（属于民办范畴）。三本高校：具有“校园独立、招生独立、财务独立，部分师资力量与教学设施等与校本部共享”等特点。三本院校的学费较高。
考生在修完大学四年课程，在三本院校顺利毕业之后，可以取得“本科毕业证书”和“学士学位证书”等两个证书，毕业证和学位证都是独立学院的证书，并以独立学院名称具印。从全国范围看，独立学院自1999年6月诞生，是指普通本科高校依据相关规定，是为了贯彻落实教育部八号文件精神，按照新的机制和模式举办的本科层次的二级学院。独立学院的产生，主要有以下几种方式：国办院校结合企业资本联合举办、民办大学挂靠改制和国办大学独立兴建这三种方式。
