在1937年12月13号，日军占领南京，随之而来的是30万中国同胞惨遭杀害的灾难，武藤章是制造这场灾难的罪魁祸首之一。关东军侵略东北期间，为了达到分裂中国并侵占绥远的目的，策划了德王成立伪“蒙军政府”事件，但因中国军队傅作义部发动绥远抗战，德王失败。武藤章参与了绥远事件的全部过程，并出面善后，指挥德王后撤以保存实力。1937年，武藤章调任关东军参谋部第三课课长，负责制定作战计划、建立兵站、组织兵员等。
1937年7月7日，以卢沟桥事变为标志，日本发动了全面侵华战争。这对于武藤章来说，如同服了兴奋剂，迫不及待地打电话给时任关东军参谋部第二课课长的河边大佐说：“愉快的事情发生了！”但战争开始后，日本陆军参谋本部出现了战争指导方面的意见分歧，发生了“扩大派”与“不扩大派”之争。所谓“不扩大派”，只不过是从“北进”的战略考虑，希望有更多的兵力以备将来向苏联开战，因而希望把对中国的侵略暂时限定在一定区域；而“扩大派”则是从“南进”的战略考虑，希望以速战速决占领全部中国，继而向太平洋地区扩张。武藤章是“扩大派”主要成员，坚决主张立即扩大侵华战争，不仅向华北，同时向青岛和上海出兵。最后，武藤章等人的意见占了上风，日本的侵略战火很快在中国大地蔓延。武藤章也因提出扩大侵华战争计划，得到参谋本部的赏识，破例让其赴皇宫晋谒天皇。
武藤章不仅提出扩大侵华战争的主张，而且身体力行，成为扩大侵华战争的先锋。“八·一三”事变后日军进攻上海，但遭到了中国军队的顽强抵抗，并未达到速战速决的目标。于是，武藤章又提出派兵在杭州湾登陆的建议。他的建议得到采纳后，日军攻占上海的计划得逞。因献策有功，他被任命为华中方面军副参谋长。武藤章就任新职后，又提出立即进攻南京的建议。1937年12月1日，日本大本营采纳了他的建议后下达进攻南京的命令。
日本人为什么要打中国，因为要获得中国的资源、领土，那为什么日本要进行南京大屠杀了？原因有5个
1：日本在上海南京保卫战的时候受到很大的抵抗，把南京数百万手无寸铁的普通民众作为发泄的对象。
2：用杀人、奸淫、掠夺这些方式激发士兵的作战意识，告诉士兵打仗可以得到荣誉、女人、财物以及对日本天皇的效忠。
3：想用屠城的方式告诉中国人，抵抗日本皇军的下场。
4：南京当时是中华民国国民政府的首都，攻陷南京和屠城都是极具政治意义的。
5：日本人认为崖山之后无中国，他们杀的是支那人、是鞑靼人而不是中国人、汉人、中国最后一个汉人政权明朝被满清灭亡后，日本人就开始俯视中国了，（同样思想的还有韩国人），这了涉及到正统，略过。
