变更税号后，对于纳税人税号变更而言，变更前开的发票，对方可以认证；但是对方开给本公司的发票，在变更后就不能认证了，只能退回去让对方重新开票。
变更税号可以同城通办。但涉及税控发行、重签《委托扣款协议》事宜，需到主管税务机关办理。关于办理变更税号有许多情况和问题，下面罗列了变更税号的一些常见问题和注意事项：
一、更换“三证合一”的营业执照后，如未到国税办理纳税人识别号变更，则纳税人识别号仍为换证前的15位税务登记证号码。
二、如有空白发票，需全部作废，次月正常抄报清卡后方可变更纳税人识别号。(开具完毕或全部作废后应到验旧窗口检查是否全部验旧通过)。
三、有已认证未申报的增值税专用发票，次月正常抄报清卡后方可变更纳税人识别号。
四、变更纳税人识别号之后，原来的实时缴税协议无法正常使用，需重新与银行签订。
五、变更纳税人识别号之后，原来的CFCA证书无法使用，需到地税更换“一证通”数字证书。
六、有未认证的购方税务登记证号为旧税号的抵扣联，在变更为新号后将无法认证，需换票。
七、纳税人识别号变更前必须先将已收到的海关缴款书全部比对抵扣。
八、当月已开具了发票(全部作废除外)，次月正常抄报清卡后方可变更纳税人识别号。(开具完毕或全部作废后应到验旧窗口检查是否全部验旧通过)。
九、变更税号可以同城通办。但涉及税控发行、重签《委托扣款协议》事宜，需到主管税务机关办理
十、已更换了“三证合一”的营业执照的纳税人，需将纳税人识别号更改为社会统一信用代码后，方可办理迁出手续。
变更税号之前的准备事项
对于增值税一般纳税人而言，变更税号需要注意几个事项，首先纳税人需要完成征期抄报税，其实纳税人将原税号取得的进项发票全部认证，提醒相关客户(购货方)将你公司开具的发票全部认证;并与你公司的供货方约定变更税号的具体时间，避免税号开错。再次，一般纳税纳税人在增值税发票开票系统操作，将剩余的空白发票退到金税盘或税控盘中。最后一般纳税然发票需要全部验旧。
对于小规模纳税人而言(不包括定期定额征收户)变更税号需要使用金税盘或税控盘的纳税人参照增值税一般纳税人所列3—4项办理，领用通用机打票(网络发票)的纳税人，若有空白发票，在网络发票系统作“空白发票”作废，并生成验旧清单。
