医院现有3个研究所，19个研究室。是国家药品临床研究基地，省心肌病定向科研基地，全国首批获准开展辅助生殖技术和人类精子库的单位。
全年新获各类科研项目217项，其中国家自然科学基金11项；新获各类科研项目经费1324万元；新获省135学科与人才建设经费1564万元；新获各类成果奖44项；发表学术论文825篇，其中SCI收录74篇。 医院现有职工2635人，其中医技人员2003人，现有博士生导师47人，硕士生导师144人 。
医院对外交流活跃，与美国、日本、加拿大、澳大利亚及意大利等国的医院、学科和实验室建立了友好合作关系。 医院注重精神文明建设，先后多次被评为卫生部卫生先进集体，连续多年被评为江苏省省级文明单位、江苏省和南京市十佳医院。
