黄喉拟水龟甲长大约15～20cm，头小，头顶平滑，橄榄绿色，上喙正中凹陷，鼓膜清晰，头侧有两条黄色线纹穿过眼部，喉部淡黄色。背甲扁平，棕黄绿色或棕黑色，具三条脊棱，中央的一条较明显，后缘略呈锯齿状。腹甲黄色，每一块盾片外侧有大墨渍斑。四肢较扁，外侧棕灰色，内侧黄色，前肢五指，后肢四趾，指趾间有蹼，尾细短。
黄喉拟水龟在成长过程中有体色变化，以头部颜色的变化最快。在活动频繁的季节如改变黄喉拟水龟的栖息环境，也许只需数周或更短的时间，黄喉拟水龟的头部颜色就会发生明显变化。人们还发现：在黄喉拟水龟的原始栖息地 ，栖息在同一处溪流的大约相同年龄段的黄喉拟水龟，它们四肢及甲壳的颜色基本相同。如栖息在布满黒色鹅卵石的溪流中，黄喉拟水龟的壳色也会渐渐地变成黑色，看上去如同溪流中的一块鹅卵石，估计“石龟”的外号也是由此而生。
黄喉拟水龟的体色基本形成南深(色)北浅(色)的趋势。甲壳颜色；南种的大都偏棕黒色、北种棕灰色的较 为普遍。头色：由南至北的颜色也是由深向浅的走向：深绿、灰绿、浅绿、越往北越偏黄色。当然,同一地域的种群也会有一些差异，这除了龟类遗传基因的因素外，和栖息地环境，食物及光照等等都有很大的关系。由于气候环境的关系，黄喉拟水龟的体形大致可分为两种；南部和北部的黄喉拟水龟体型较细小、分布中 部也就是亚热带地区的黄喉拟水龟体型较大。这是因为热带夏天高温炎热，而温带冬天寒冷，每年较长时间的夏眠及冬眠都使生长速度放缓下来。而栖息于亚热带一带的黄喉拟水龟，由于生长周期比南北方的都长，所以个 体的体型都比较大。
黄喉拟水龟在长期进化过程中，因为底板都紧贴地面，不暴露给天敌，也就失去变色伪装的迫切性。龟类底板色斑的变化是最小的，过程也最漫长。许多分布范围较狭窄的种群，底板的色斑基本是完全相同的。所 以鉴别底板斑纹也是人们区分龟类各种群的重要手段之一。南北种群的黄喉拟水龟底板斑纹差异在同种属的龟中算最大的，这与黄喉拟水龟跨纬度远距离分布有很大关系。当然形成今天这种差异也是适应环境的需要，是黄喉拟水龟在原栖息地经近百万年甚至更长的时间进化才演变成现貌的。
