（一）科学研究:
长期以来学院坚持走科研与教学相结合的道路，教师在教学同时，积极参加科研活动，通过科研促进教学质量的提高。
现在学院有福州大学生物工程研究所、药物生物技术研究所、食品生化研究室、应用生态学研究室以及生物腐殖酸研究室等科研机构。学科带头人为饶平凡教授、叶秀云院长和郭养浩教授，并有一批有科研、教学实力，又有冲劲的学术骨干，他们包括年龄在40岁以下的12位副教授（孟春、倪莉、陈剑锋、林娟、石贤爱、林向阳、汪少芸、刘树滔、李昊、周建武等），其中校聘责任教授3人，省高等学校新世纪优秀人才6人。
学院科研队伍在蛋白质与酶工程、药物生物技术、食品生化、水产品生态养殖等方向形成团队，在国内外有一定的影响：
1. 蛋白质与酶工程方向: 重点对工、农业和人类健康有重要意义的功能蛋白质进行分离、纯化和表征（上游），基因克隆、重组和表达菌株的构建（中游）和规模化制备和生产（下游）。该方向是当今生物学的重心----即以功能基因组学、蛋白质组学等为代表的系统生物学的重要组成，将为在21世纪真正实现生物技术的世纪奠定基础。
在国内同类学科中，本方向目前在蛋白质的分离、纯化和表征以及规模化制备和生产方面具有的明显的优势；但与顶尖的蛋白质研究机构相比，基础理论方面的研究有待加强。
2. 药物生物技术方向：本研究方向的特点是结合医药发展需求，进行关键的生化产品和生化过程的本征动力学和宏观过程动力学的研究，进行相关生化产品的分离纯化，进而实现工程放大和过程优化。本研究方向包括：微生物反应过程优化、新型生物反应器的研制和相关生物化工新产品的分离纯化等。
（1）微生物过程特性及优化研究
本方向主要从事微生物反应的本征动力学和过程动力学研究，并进行生物反应过程的优化和相关反应器的优化设计和优化控制，从而实现目标生化反应过程的高效运行。
（2）新型环境生物反应器研究
针对高浓度有机废水和低浓度生活污水的厌氧生物降解过程，重点研究厌氧生物反应器特性，分别从工程角度和微生物角度探讨生物反应器优化控制措施，并开发实用的相关废水生物治理技术。
（3）生化分离新技术
生化分离工程在生物技术中占有重要地位。本方向主要根据生化反应产物的特性，研究生化分离新技术与新工艺。重点是膜分离、层析分离、离子交换分离、超临界流体萃取过程。
（4）在本方向研究中，由洪文荣教授带头的药物基因组学研究聚焦于制药微生物的菌种筛选、菌种改良、微生物药物基因组学、抗性基因克隆、抗生素生物合成基因簇克隆、基因敲除、基因阻断、基因替换、细胞工程育种、次级代谢产物代谢网络调控与发酵工艺最佳化，抗生素分离提取与精制及抗生素产业化研究等。其中妥布霉素生产菌经过品质改良和优化，已实现产业化，其技术指标达到国内领先水平。不同遗传性状的西索霉素产生菌--依纽小单孢菌的基因簇克隆已取得突破，已申请专利并获得省科技进步三等奖，填补了国内在这一研究领域的空白。其它研究品种有卡那霉素、庆大霉素、妥布霉素、小诺霉素、西索米星、核糖霉素、金霉素、土霉素、四环素、利福霉素、红霉素、环孢菌素A、头孢菌素类、克拉维酸、万古霉素和环孢菌素A等。其生产技术指标大部分已高于工业化水平。
3.食品生物化学方向：在坚实的生物化学的理科基础上，开展对于传统食品的研究。具体而言，目前的研究方向包括1.食品分析方法研究2.蛋白类传统食品研究3.发酵类传统食品研究。引入最新的分析手段，是传统食品研究实现突破的前提。本学科开发的色谱、毛细管电泳分析食品的组分及功能的新方法，有效地揭示了传统食品的组分和机理，体现了本学科研究工作的深入性和手段上的优势。在普遍的模仿跟踪国际现成食品科技的风潮中，本学科坚持开展对于中国传统食品的研究，视之为建造中国食品工业核心竞争力的神圣职责，视之为本学科自立于国际食品科技之林的根基。
本方向对黄酒、福州肉燕、豆腐乳以及中国水果凉热性的生化依据等项目开展了研究，从分子水平上为人们认识这些重要传统食品提供了崭新的视角，为相关食品的产业化和国际化奠定了基础。这些工作开始得到国内和国际食品工业界的支持，出现产学合作的崭新局面，正在进入成果纷呈的丰收季节。
本方向的另一鲜明特色是，具有学术界所罕见的成功的创业经历，具有较强的产业化能力，与食品工业界的沟通有天然的优势，实现了与国内乃至国际食品企业的高层次技术合作和交流。目前已与圣农集团、蜡笔小新、福马集团等三家福建省主要食品企业分别组建共同研发机构；雀巢、达能、爱芬、日本味之素等公司的合作研究已经开始。本学科正在成为推动我省食品产业发展的技术动力源。
本学科比较突出的薄弱之处在于争取政府资源支持学科开展的具有前瞻性的研究方面的沟通能力不足。
4．应用生态学方向：
（1）开拓一种全新的海水鱼内陆养殖技术，已经在南美白对虾和石斑鱼的养殖中获得成功，目前正在想内地推广。这种技术既可以避免海区多变而恶劣的气候造成潜在的风险，又可以充分利用土地资源，人为随意改善生态条件，缩短生长周期，降低生产成本。
（2）淡水鱼生态养殖新技术，已经在甲鱼、罗非鱼养殖中获得成功，甲鱼养殖已经推广到福建、浙江、广东、江西、海南等省，获得极大的经济和社会效益，学术带头人袁崇桂副教授被养殖户称为甲鱼博士。
（二）科技服务
1．科技首先为本科生和研究生教育服务。我院利用重点学科和各个科研机构的软硬件条件，积极为本科生的教学服务。近年来我院本科生中开展的科研小组手、SRTP科研训练以及科研创新活动都在学校中名列前茅，在全国大学生创业大赛、国家科协组织的科技创新等赛事中获得奖项超过30项。
现在又以新校区实验室建设为契机，建设省部共建生物学实验中心、教育部高校特色优势学科实验室---生物医药工程技术实验中心和福建省医药生物工程技术创新平台。这些实验与创新平台不仅使学生掌握新科技，还能激发学生对科学的探索和创新精神。
2. 科技其次为地方建设服务。近年来我院科技开发方面都取得可喜的成绩。横向经费连续三年实现倍增，2006年人均经费将近10万元，连续两年位列全校第二并获得科技应用推广先进单位。刘树滔等老师连续获得科技推广先进个人。
