医院坚持大专科、小综合发展策略，促进各学科共同发展，一期四个重点学科——急诊危重病科、消化内科、神经内科、妇产科及四个特色学科——麻醉科、呼吸内科、血液风湿肿瘤科、骨科建设已完成验收；2009年还遴选了三个重点建设学科——口腔科、感染科、内分泌科，搭建了较为合理的学科梯队。医院还积极推进学科重组和交叉合作，建成松江区危重病急救临床医疗中心，即以急诊危重病学科为基础，联合120急救中心、5家二级医院和14家社区卫生服务中心，依托市一南院和浙医二院，形成了院前急救——院内急诊——重症监护治疗一体化的新模式；2010年底整合消化外科、消化内科、内镜中心的消化疾病诊治中心为病人带来了高质量的诊疗服务，口腔疾病诊治中心、康复中心等的筹建工作也在积极推进中。
