分居两年不可以自动离婚，它只是判断离婚的一个因素，离婚只有通过民政部门登记或者法院诉讼离婚才可以解除婚姻关系。至于长期分居协议是否有效需要看具体情况。
离婚的条件之一是“因感情不和分居满两年的，调解无效的。”这是指夫妻因分居而离婚的理由，这条法定的离婚理由由两个必备要件组成，缺一不可．因此，分居两年并不会自动离婚。两个必须要件是：因感情不和；分居满两年的。
夫妻分居有两种类型：
第一种是因客观原因造成的，如夫妻俩分别在两个城市工作，没有同居的条件，这种夫妻分居的情形，不是因感情不和而分居，即是夫妻分居时间满两年也不符合“因感情不和分居”的法定提出离婚的理由。
第二种是主观原因造成的，如婚姻基础不牢固，婚后没有培养起夫妻感情而分居满两年的，符合“因感情不和分居”的法定离婚的理由。
