能够在生命体内控制时间、空间发生发展的质和量叫生物钟。
生物钟有四点功能：提示时间、提示事件、维持状态和禁止功能。
提示时间：是指你在一定的时间必须做谋事，到了这个时间，你就自动会想起这件事来，比如你想明天早上6点起床，到时你会自动起来。现实生活中有大部分事物都是时间提示起作用的，比如几点上班、某时会见某人、爱人生日的献花、愚人节、赶某趟车等等。
提示事件：是指当你遇到某事时，生物钟可以自动提示另外一个事件的出现。比如有人拜托你将一件东西给甲，当你遇到甲时，生物钟这一功能就会自动起作用，使你马上想到这个托付的东西来。用得最多的是看到某事时，在你的大脑里所依次产生的那些“忆块”（回忆的一种），比如看到熊猫，你就会想到：它是中国的国宝、它喜欢吃竹子、它是中国作为友好象征出使国外的使者等等忆块。再比如当你看到一道难题时，你就会调动很多忆块，在一些规则的组合下，去求解它，这一连串的事情必须启动你过去很多年时间里所学到的知识，这些知识是不会平白无故地出现在你的大脑的，它们必须在生物钟的该功能作用下才可依次出现在你的大脑里。
维持状态：是指人们在作某一事时，能够使人一直做下去的力量。比如上8个小时的班，就是生物钟这一功能的结果，又比如人的眼睛观看某一事时，能够聚精会神地看，也是它的结果，当注意力从视觉转向听觉时，也是生物钟作用的结果，那是提示事件功能在起作用，但是，你要听完一堂课，你就必须用生物钟的该功能才能听完，否则你就会瞌睡不已，甚至逃课。这种维持可以是连续的也可以是断续的维持，比如你和你爱人的家庭的维系就是断续的，因为你不能长期呆在家里无所事事，你必须去工作，去交结，去谋取。
禁止功能：是指机体某个功能或行为可以被生物钟终止。比如说看到一个恐怖的事件（如地震），你无论在做什么，都有可能产生逃跑，这种逃跑就是对前面所做事物的终止。再比如说你在专心专一上网，结果你老爸打来了，你对上网的终止就是生物钟的功能在起作用。如果没有这种作用，一个人就会出现永不停顿的做事，比如睡觉，如果没有这种终止，这个人就会长期睡下去，成为植物人。植物人发生的原因可能与此功能的失控有关。
相对这四点功能，在人的大脑里有对应的四个中枢：时间中枢、空间中枢、功能中枢和终止中枢。
生物钟充斥在生物的每个环节，无论人命还是生命过程都离不开它的作用。
生物钟的特征
生物钟有点象开汽车：人什么时候上车，开车到哪里，踩多久的油门，到达后的一脚刹车。
遗传的实质是生物钟上的记块的释放，进化的实质是染色体的变异，退化的实质是染色体功能的关闭。比如人的盲肠和人类的尾巴，都退化了，但是都有痕迹，它们的生物钟的子钟还是存在于那个部位，只是功能没有了，被母钟关闭了；所有器官，只要不用，其功能都会退化，不仅仅是盲肠，退化以后的器官，第一是器官缩小，第二是功能消失。由此看来生物钟具有两面性：器质性和功能性，器质性决定器官的性质，主要是决定器官的大小、形状和细胞数量，功能性决定器官功能的发挥程度、功能的有无、分泌功能物（如各种酶和素）的多少。
DNA是指起遗传作用的螺旋体，生物钟是DNA和它周围所附带的蛋白质等物质。
DNA分两种：一是“端点”，也就是DNA上分支的交叉连接部位，这个端点控制着基因的发生时间和顺序，试设想一粒种子，放在土里，没有一定的原块（外界条件）的刺激是不会发芽生长的，一旦条件足够，端点就被激活，端点指令DNA依次解码，如果没有这种控制，基因就会各自为战。
人的生长发育行为的产生，都是染色体上的基因决定的，什么时候停止生长，什么时候产生性欲，什么时候分娩，什么时候停经等等这一切都是一个人按时按刻来完成的，没有一个不是生物钟的体现，所以DNA就是生物钟，是它决定一个人的一切生理进程。如果DNA所决定的这些按时按刻出现的东西都不属生物钟的范畴，那就没有人体生物钟了。
无论是生命过程还是人命过程，都是生物钟在起关键作用。先看看生命过程，当人的胃饿了时，生物钟就会提醒你:“该吃了”，吃到一定程度，它又会提醒你:“可以了”。在这里，生物钟是通过一种胃壁的压力感受器来实现功能的，胃壁压力感受器感到胃内没有东西了（这一数值每个人都应该有个可以测量出来的衡数），就开始分解一种能够使大脑产生“胃痛”的“物质”，这一物质和胃神经结合，胃神经开始产生一种电传导，该传导到达大脑的“胃痛区”，就产生了“胃痛”，反过来，持续胃痛又可分离胃神经上的化学结合物，从而终止胃痛，过一阵，如果还是没有进食，胃就开始下一轮疼痛，这就是所谓的阵痛。
