按综合排名来看，北大医学院全国第二，复旦医学院（下用上医代替）第三，交大医学院（下用上二医代替）第四。考取难度来看，在全国范围也是北医最难，其次上医，再次上二医。
上二医虽然是交大的医学院，但05年并校时上二医领导要求与交大分开招生，财务、人事独立，类似北医。而上医作为复旦医学院，并入复旦共同招生，因此最低分数线即为复旦大学分数线。因此在除上海外的全国其他地区，上医分数线高于北医，上二医最低。在上海为上医较高，其次上二医，北医在上海不招生。
三个医学院都位列全国最顶尖的四大医学院（武书连榜A++级），教学质量孰优孰劣不好妄言，不过各有侧重。在临床医学方面，北医最好（全国第二），上二医其次，上医再次。基础医学方面，上医最好（全国第一），北医其次，上二医再次。预防医学、医学检验学、营养学之类科目太小，暂且不提。护理学方面无法比较，北医和上医兼有一本高护和专科护理，上二医只有一本高护。
在发展趋势上，随着全国医学院并校逐渐完成，彻底被吞吃的医学院（比如上医、湘雅等）失去了独立的财务和人事权，其发展趋势将随其母校发展而定，而在国内大学的发展趋势上，无疑理工科学校暂时是发展最为迅猛的。关于上医的诸多传闻由于尚待证实，这里我就不提了。对于独立性比较强的医学院（如上二医、北医），其发展趋势将综合母校与自身的情况。鉴于近10年里上交极为迅猛的发展速度及上交对上二医的重视程度（连续3年开学典礼新生代表发言者都来自医学院），上二医的前景看好。
其实说了这么多，提问者为什么不选择协和？也就是清华的医学院，那绝对是中国医科的王者，当然，考取难度也是最高的。
