从电影里来的，哥斯拉2将延续上一部的故事，动物基因组学（帝王计划）研究机构将会有更繁重的研究任务，因为一大堆大小不一的怪物要登场，而哥斯拉也要与摩斯拉、拉顿以及它的强敌基多拉相遇。
哥斯拉本来是生活在二叠纪的顶级物种，在二叠纪生物大灭绝末期，自上一部击败穆托夫妇后一直沉寂在深海。基多拉卷土重来后，哥斯拉一路追击这只外星入侵者。首战南极不敌恶龙，二次海战哥斯拉咬下基多拉一只头颅，但受到人类“氧气毁灭者”的打击身负重伤，沉入深海。在魔斯拉的呼唤和人类核弹加成下再次出海迎战，但仍然不敌基多拉，最后在被魔斯拉激化进入红莲状态。
魔斯拉最初是婴儿岛的守护神。象征“母性”的“怪兽女王”。身高“仅有”15.8米，但其翼展达到了244.8米。双翼可以发出具有攻击性的致盲神光，这使其具有“撕裂天空”的超级力量。在中国云南历经发育破解成蝶。随后前去呼唤沉入深海的哥斯拉。在击败拉顿后，身负重伤的魔斯拉毅然迎战基多拉，最终牺牲自己。
基多拉来自外星的怪兽，古老壁画记录着这只三头巨龙与哥斯拉由来已久的恶战。一直被冰封在南极。身高为158.8米，展翅长度大概有400米，哥斯拉在它面前也显得娇小许多。其实力之强悍，不仅可以口吐引力射线，而且三头三脑、聪明诡谲，所到之处电闪雷鸣，断头重生的本领更使其“斩之不尽，杀之不绝”。一度碾压哥斯拉。
拉顿身高约47米，展翅约265.5米。是“在烈火中锻造的怪兽”，从火山中苏醒的拉顿宛如一只双翼喷溅着火星的巨大翼龙。其飞行时带来的暴风和音爆使得所到之处满目疮痍。追击人类战机时遇到基多拉，败北后成为后者的爪牙，在最后的战斗中被基多拉召唤而来牵制魔斯拉，但被魔斯拉尾刺重创。基多拉被消灭后，又臣服于哥斯拉。
