2014年1月2日，曾代表辽宁队夺得全运会U18冠军的周琦，已经正式与新疆队完成签约，2014—2015赛季身披新疆男篮的战袍征战CBA联赛；12月14日，新疆队主场迎战佛山队的比赛中，周琦抢下22分15篮板8盖帽的数据，这也是他CBA生涯里最佳之战。其中在篮板和盖帽这两项数据里，周琦皆创下了自己CBA生涯的新高。
2015年4月23日，周琦获得中国篮协颁发的2014-2015赛季CBA联赛最佳新人奖，作为加盟CBA的首个赛季，周琦为新疆队出场31次，交出场均14.1分、7.0个篮板和3.3次盖帽的数据。
2017年2月28日，中国篮协公布本赛季CBA常规赛MVP人选，周琦为国内球员候选人。
2017年4月7日，在2016-2017年赛季CBA联赛第四场季后赛，夺下18分10篮板，帮助新疆队以117比109战胜广东队，从而以总分4比0，帮助新疆队首次成为CBA联赛总冠军
2013年入选U19国青，7月随中国国青队出征U19世青赛，帮助中国队获得赛事第七，平国字号球队在世界大赛中的最佳战绩，周琦以场均5.4次封盖稳居封盖榜榜首；同年9月7日，代表辽宁参加第十二运男子篮球18岁以下年龄组决赛争夺战，辽宁队以83比52战胜解放军队，赢得金牌，得到23分15篮板4盖帽。
2015年男篮亚锦赛决赛，中国队以78-67击败菲律宾获得冠军，周琦在比赛中9投4中贡献16分和14个篮板；并入选本届亚锦赛最佳阵容司职中锋。
2018年8月6日，周琦入选第十八届亚运会中国体育代表团名单。9月1日，2018年雅加达亚运会男篮决赛，周琦15分11篮板4盖帽，帮助中国男篮红队以84-72战胜伊朗队，时隔八年重夺亚运会冠军，同时也是历史第8次夺冠
