原因主要有以下几点：
实用新型专利通过的周期为一年左右，发明专利通过的周期更长，要两年到三年。大多数知识产权数量不够，又急于申请高企的企业想保证“拥有自主知识产权”项加分最快捷的办法就是选择软著申请。企业纯粹为了申报高企而申请软著，知识产权关联性低，甚至软著与研发项目和产品的关键技术完全不搭界，张冠李戴，这就导致企业知识产权评分不高。
新的工作指引中对科技成果转化能力的打分是由技术专家对企业科技成果转化的总体情况进行综合评价，没有明确统一的衡量标准，对企业来说，成果转化多多益善是一方面，成果与产品之间的关联与有效转化也是高分的重点。
技术成果是什么，怎么转化的，应用在哪个产品中，应用的效果如何，是否产生收益等这都是企业需要详尽描述的要点，部分企业“强行转化”，知识产权跟项目和产品严重不匹配，成果与产品几乎无关联，那任你舌灿莲花也无济于事。
新的工作指引加强了企业对社保人员的检查力度，尤其是乡镇型科技企业。而不少新成立的公司为了节省费用，往往核心创业人员甚至初创团队的员工都不交社保，将钱省下来用于产品研发、生产、销售。
此外，近两年新成立的企业多以技术人才创办为主，这类企业技术方面比较领先，但财务管理方面就相对松散。由于线上支付的发展，现在很多企业线上收款，直接进入账户，即使进入公司账户也很少开票，导致账目混乱。
在后补充材料中常常容易出现制度写明了有具体金额的奖励激励，但没有发奖金、汇款或现金签收的凭证等前后不一致的现象，使审核专家对其各项管理制度存疑，导致扣分。
对于中小型企业和初次申报的企业来说，对具体政策和申报过程不够透彻以及编写申报材料经验不足也是一大难关。团队缺乏实操经验，不清楚材料具体应该怎么准备。
