简单点说吧: 万克尔藏着一张 雅克布 不知道的王牌，还原了雅克布陷害迈克尔的证据，最后雅克布被捕，放到福克斯河监狱。
大结局是这样的:雅克布抓了迈克尔的儿子，对其洗脑。
而当雅各布和艾米丽赶到动物园搜索迈克尔踪迹时，梭罗打来电话，迈克尔手掌上的眼睛纹身已经破解出来了，是拿破仑的名言“永远不要在敌人犯错时打断他们”。雅各布这才意识到中了调虎离山之计。 此刻迈克尔正站在雅各布的办公室门外，纹身的秘密并不在手掌，而是在手背。只见他双手捂脸，手背上纹的雅各布脸型成功骗过了面部识别系统。迈克尔拿到了服务器上的硬盘，掌握了21真空组织的全部秘密，但雅各布手里有麦克，二人似乎都奈何不了对方。于是在电话里，迈克尔和雅各布约定次日下午五时在船坞见面。而莎拉在医院里并没有见到林肯。原来林肯执意出院，来到了卢卡的仓库。这一次他叫来了真正的缉毒组，为自己报了一箭之仇。虽然没见到林肯，莎拉却有意外收获。几乎同时被送到医院的梵就在重症监护室，他躺在病床上，喉咙被切开插着呼吸机。梵此刻已无法说话，他挣扎着拿起笔写下了安置麦克的地点。 茶包哥和维普顺利的在汽车旅馆找到了迈克尔所说的王牌，“蓝色夏威夷人”。“夏威夷人”只是绰号，他最擅长的就是重建场景。迈克尔执行任务时，在监狱里认识了他。出于怜悯救他出狱，现在到了他发挥特长的时间。 各人的任务都已完成，在老地方碰头时，林肯也来了。最后决战的时刻终于来临。 次日，迈克尔与雅各布在船坞见面。雅各布有恃无恐，仍拒绝交出麦克。当迈克尔掏出枪后，艾米丽出现，迫使迈克尔将手枪交给了雅各布。哪知维普意外出现，可马上就被艾米丽射伤并缴械。躲在暗处的茶包哥见儿子受伤，一时紧张冲了出来。远处传来警笛声，雅各布事先通知联调局，前来抓捕恐怖份子卡尼尔·乌提斯。维普闻言心情激动，上前抢夺艾米丽手中的枪。可他忘了艾米丽手上还有把刚缴获的手枪，两声枪响，维普痛苦的倒在地上。为了不再让其他人受到伤害，迈克尔答应交出硬盘。见雅各布押着迈克尔去取硬盘，联调局的应急小队已经冲进船坞，茶包哥不顾一切的用机械手扭断艾米丽的脖子，为儿子报仇血恨。 雅各布押着迈克尔走向船坞深处，迈克尔的手机响起。莎拉和林肯已根据梵所说的地点，在学院的另一处救出了麦克，还抓住了梭罗。雅各布自知大事不妙，索性要杀迈克尔灭口。只要迈克尔死了，就死无对证，也不会有人知道硬盘的下落。突然，远处传来应急小组的声音，迈克尔趁雅各布分神之际，逃进一个小门。雅各布追进小门，向迈克尔连开两枪。开枪后才发现，小门后是仿林间小屋的背景。他枪杀哈伦的情景被再现。 再现情景只是迈克尔计划的一部分。迈克尔进入办公室不仅取走了硬盘，还将瓶中哈伦的鲜血抹在了办公室里，再加上硬盘里的证据和梭罗的口供，中情局破获了内部的反叛组织，也还给了迈克尔真实身份和自由。 迈克尔、莎拉，还有林肯、希巴享受自由的阳光时，雅各布也面带笑容的住进了福克斯河监狱。他自信不会呆太长时间，可睡在上铺的茶包哥站在他面前时，雅各布脸上的笑容凝固了。
