在深圳申请人才住房和生活补贴时，辞职了，但是社保已经缴纳了三个月

没有正常缴纳的社保是不能办理补贴的。
社保补贴申请的程序：
1.向街道劳动保障机构申报就业，并凭《再就业优惠证》、社会保险缴费凭证等相关材料，向街道劳动保障机构提出社会保险补贴申请;2.街道劳动保障机构核实灵活就业人员的就业情况，出具灵活就业证明，并为其向当地县级以上劳动保障部门申请社会保险补贴;
3.经劳动保障部门审核、财政部门复核后，将补贴资金直接支付给本人;社会保险补贴标准按灵活就业人员实际缴纳社会保险费的一定比例计算。具体补贴办法由各省、自治区、直辖市根据《资金管理通知》制定。