是的，没有县市转院证明的话，不能全额报销新农合，一般来说，新农合住院报销比例为：
1、新脑电图、X光透视、拍片、化验、理疗、针灸、CT、核磁共振等辅助检查项目限额报销200元；
2、手术费起付线1000元内按照国家标准报销，超过1000元按照1000元报销；
3、60岁以上老年人住院治疗费及护理费每天可报销10元，限额200元；
4、各级医院报销比例为：镇卫生院报销60%；二级医院报销40%；三级医院报销30%。
农村合作医疗异地报销分两种情况：
1、就诊医院已经开通即时结报，这时患者入院时出示医疗本、身份证、以及在当地农合办开具的转诊审批表，就可以在就诊医院直接报销；
2、就诊医院未开通即时结报的，这需要患者回当地报销。
（1）患者携带在农合办开具的转诊审批表在医院住院，并加盖医院公章；
（2）患者住院时全额自费，出院时携带以下资料回当地农合办报销：
出院证、诊断证明书、发票、费用总清单、出院病历等。
