首先，需要改革自动监测制度
国家环保总局2005 年发布的《污染源自动监控管理办法》规定，自动监控系统经环境保护部门检查合格并正常运行的，其数据作为环境保护部门进行排污申报核定、排污许可证发放、总量控制、环境统计、排污费征收和现场环境执法等环境监督管理的依据， 并按照有关规定向社会公开。
但是，《污染源自动监控管理办法》存在一个很大的问题，就是主体责任不明确。如第十三条规定： 自动监控设备的建设、运行和维护经费由排污单位自筹，环境保护部门可以给予补助。但并未明确自动监控系统的运行和维护是谁的责任。多年来，实际操作中普遍的情况是环保部门在帮企业做监测，或由环保部门委托的第三方来执行。排污企业自己无权进入自动监测的控制室。
后来，《环境行政处罚办法》第三十六条规定， 环境保护主管部门可以利用在线监控或者其他技术监控手段收集违法行为证据。经环境保护主管部门认定的有效性数据，可以作为认定违法事实的证据。
可是，由于自动监控的运行维护责任主体不明确，在国家规定的自动监控系统的强制检定、定期校验等环节上难以执行到位，另外，在产生超标排放的记录时，企业对自动监控数据的准确性等常常提出质疑，导致环保部门难以依据自动监控的数据作为有效的法律证据对企业进行监管。同理，自动监控数据作为排污收费的依据也存在同样的问题，导致很多地方排污费的征收弹性很大，经常是“议价收费”。而一旦“费改税”，作为税收的依据，排放的数据就必须是经得起推敲和检验的。从顺利推行环境税的角度， 在线监控制度也必须改革。
