(一)适用范围不同
《小企业会计制度》适用于在中华人民共和国境内设立的不对外筹集资金、经营规模较小的企业(不包括以个人独资及合伙形式设立的小企业)。符合《小企业会计制度》规定的小企业，按照制度规定可以选择执行《企业会计制度》。若选择执行了《企业会计制度》，就不能同时选择执行《小企业会计制度》的有关规定。而《企业会计制度》的适用范围，按照《企业会计制度》的规定，除不对外筹集资金、经营规模较小的企业，以及金融保险企业外，在中华人民共和国境内设立的企业(含公司)，执行《企业会计制度》。从《小企业会计制度》的规定看，符合《小企业会计制度》规定的小企业也可执行《企业会计制度》。
(二)会计科目设置不同
《小企业会计制度》比《企业会计制度》少设了25个一级科目。原因主要有如下两个方面：第一，小企业经济业务相对简单，因此可将《企业会计制度》中的部分科目进行归并，如应收股利和应收利息合为应收股息科目，原材料和包装物归并为材料科目等。第二，小企业会计核算简化或者没有某科目所要反映的经济业务，从而可少设。如资产科目少设了自制半成品、分期收款发出商品、各项长期资产的减值准备、未确认融资费用和待处理财产损溢;负债科目少设了应付股利、预计负债、应付债券;所有者权益科目少设了已归还投资;损益类科目少设了补贴收入、以前年度损益调整。
(三)账务处理不同
1.资产清查的处理不同。《小企业会计制度》中没有设置“待处理财产损溢”科目，小企业在财产清查中发生资产的盘盈或盘亏时直接进行处理。笔者认为这种处理方法简明扼要，与资产负债表中所反映的内容相符。而《企业会计制度》中的资产负债表中已取消了资产待处理项目，企业在编报前必须将待处理的资产进行处理，因此财产清查还要通过“待处理财产损溢”科目核算，笔者认为这是一种多余。
2.不计提长期资产减值准备。长期资产的可收回金额较难确定，计提减值准备时需要进行较多的职业判断，而小企业会计人员少，高素质的会计人员更少，所以《小企业会计制度》仅要求对短期投资、存货和应收款项计提跌价或坏账准备，不要求对固定资产、无形资产等长期资产计提减值准备。
3.简化长期投资的核算。小企业投资的业务比较少，按重要性原则对长期股权投资采用简化了的成本法或简化的权益法核算。
