工程营业税的税率是5.39%。由以下几种合计：
1、营业税：按工程结算款计算缴纳营业税，税率3%。
2、个人所得税：按工程结算款计算缴纳个人所得税，税率1%
3、城建税：按营业税计算缴纳城建税，城建税税率：纳税人所在地在市区的，税率为7%；纳税人所在地在县城、镇的，税率为5%；纳税人所在地不在市区、县城、镇的，税率为1%。
4、教育费附加：按营业税计算缴纳，税率3%。
5、印花税：按建筑安装工程承包合同金额的0.3%0计算缴纳。
扩展资料
根据《营业税暂行条例》的规定，建筑业的总承包人将工程分包给他人，以工程的全部承包额减去付给分包人价款后的余额为营业额。
也就是说，存在工程分包的情况下，总承包单位应以全部承包额成去付给分包方价款后的余额计算缴纳营业税，分包人应该就其完成的分包额承担相应的纳税义务。
同时，按照规定，总承包人属于法定的代扣代缴纳税义务人，在与分包方办理已完工程价款结算时，还应以与分包方结算的工程价款为依据计算并代扣代缴其营业税。
总承包人代扣代缴分包人营业税后，应按规定对分包人开具《中华人民共和国代扣代收税款凭证》，分包人以此作为其完税凭证。
跨省工程的分包，由扣缴人在扣缴人的机构所在地代扣代缴；如果分包人将工程再一次分包出去，有一段工程仍是跨省工程，该段跨省工程的营业税亦由总承包人在其机构所在地代扣代缴。
参考资料来源：百度百科-中华人民共和国营业税暂行条例
