U盘的文件系统是FAT32格式的,不支持大于4G的单个文件。 要格式化成NTFS。
1、 USB-HDD
硬盘仿真模式，DOS启动后显示C:盘，HPU盘格式化工具制作的U盘即采用此启动模式。此模式兼容性很高，但对于一些只支持USB-ZIP模式的电脑则无法启动。（推荐使用此种格式，这种格式普及率最高。）
2、 USB-ZIP
大容量软盘仿真模式，DOS启动后显示A盘，FlashBoot制作的USB-ZIP启动U盘即采用此模式。此模式在一些比较老的电脑上是唯一可选的模式，但对大部分新电脑来说兼容性不好，特别是大容量U盘。
3、 USB-HDD+
增强的USB-HDD模式，DOS启动后显示C:盘，兼容性极高。其缺点在于对仅支持USB-ZIP的电脑无法启动。
4、 USB-ZIP+
增强的USB-ZIP模式，支持USB-HDD/USB-ZIP双模式启动(根据电脑的不同，有些BIOS在DOS启动后可能显示C:盘，有些BIOS在DOS启动后可能显示A:盘)，从而达到很高的兼容性。其缺点在于有些支持USB-HDD的电脑会将此模式的U盘认为是USB-ZIP来启动，从而导致4GB以上大容量U盘的兼容性有所降低。
5、 USB-CDROM
光盘仿真模式，DOS启动后可以不占盘符，兼容性一般。其优点在于可以像光盘一样进行XP/2003安装。制作时一般需要具体U盘型号/批号所对应的量产工具来制作，对于U3盘网上有通用的量产工具。
