专门管辖，是指各种专门人民法院审判刑事案件的职权范围。它解决的是哪些刑事案件应当由哪些专门人民法院审判的问题。专门管辖，是指专门人民法院之间，以及专门人民法院与普通人民法院之间对每一审刑事案件在受理范围上的分工。
(一)刑事诉讼法第27条规定：“专门人民法院案件的管辖另行规定。”在司法实践中，军事法院管辖的刑事案件，主要是现役军人和军内在编职工违反刑法分则第十章，犯军人违反职责罪的犯罪案件。另外司法实践中，存在军队和地方互涉案件的管辖权争议问题，应该依据相关的司法解释，分别不同情况处理：
1.现役军人(含军内在编职工，下同)和非军人共同犯罪的，分别由军事法院和地方人民法院管辖;涉及国家军事秘密的，全案由军事法院管辖。
2.地方人民法院或者军事法院以外的其他专门法院管辖以下案件：
(1)非军人、随军家属在部队营区犯罪的;
(2)军人在办理退役手续后犯罪的;
(3)现役军人入伍前犯罪的(需与服役期内犯罪一并审判的除外);
(4)退役军人在服役期内犯罪的(犯军人违反职责罪的除外)。
(二)铁路运输法院管辖的刑事案件，主要是铁路运输系统公安机关负责侦破的刑事案件，如危害和破坏铁路交通和安全设施的犯罪案件，在火车上发生的犯罪案件
