1.提高相关工作人员的综合素质。提高相关工作人员的综合素质是降低企业所得税汇算清缴工作中税务风险的基础和关键，这就要求财务人员认真学习,掌握企业所得税一系列的政策法规及当年度的政策调整文件,坚定依法纳税的正确观念,杜绝偷税行为;其次，要加强法律知识的学习力度，依法缴纳相关的税款，按照相关的法律条例履行汇算清缴义务，明确自己的义务和权利，减少不必要的风险和损失;此外，要提高相关工作人员的专业知识和专业技能，掌握国家的宏观经济环境，学习并掌握财务、会计、信息技术等多方面的知识技能的融会贯通。
2.充分发挥税务风险管理组织体系的作用。充分发挥税务风险管理体系的作用是有效规避企业所得税汇算清缴税务风险的核心，这就要求企业以责任制为原则，结合企业自身的特点和战略目标，健全税务风险管理组织体系，设置相关的所得税汇算清缴税务机构和岗位，以企业的战略目标为终极目标，善于发现风险，研究产生风险的原因，并及时的提出切实可行的防范措施，切实发挥税务风险管理组织体系的价值。
3.建立健全税务风险防范系统。健全的税务风险防范系统能够有效的缓解和避免不必要的税务风险和损失，这就要求企业首先要根据企业自身的特点和战略目标以及内部税务风险管理的具体要求，合理的设置企业的税务管理部门及岗位，做到人人肩上有责任;其次，要细化税务风险防范体系的内容，涵盖各项收入、成本、费用以及应交税务等各个方面的内容;此外，要构建独立的监管部门，完善相关的奖惩机制，从根本上提高相关工作人员的工作热情和工作积极性，避免人为因素造成的不必要的税务风险和压力。
4.定时检测和评估企业的内部税务风险。现阶段，企业的所得税是按年汇算清缴的，所以企业所得税涉及到企业整个年度的收入、成本、费用、税金和损失，所以要定期的检测和评估企业的内部税务风险，切实的参与到企业整个年度的各项财务活动和经营活动中来，真正发挥组织结构的作用，此外，还要按照企业战略目标和经营项目的变化不断的改变和完善企业检测和评估企业税务风险的周期，实现企业税务组织机构价值的最大化，进而实现企业利益的最大化。
5.加强与税务机关的联系和沟通。加强与税务机关的日常联系和沟通能够有效的缓解和避免企业在进行所得税汇算清缴工作中的存在的税务风险，这就要求企业首先要在日常工作中加强与税务机关的联系和沟通，对于汇算清缴工作中遇到的问题和困难要及时的寻求税务机关的帮助;此外，要积极的向税务机关学习相关的所得税法律规范，掌握相关的政策规范，及时了解和掌握相关的政策变化，这样一来就能够有效的避免由于对规范制度的不了解而造成的税务风险。
6.委托中介机构办理相关的涉税鉴证事宜。委托中介机构办理相关的涉税签证事宜能够加强企业所得税汇算清缴工作的科学合理性，提高工作效率和工作质量，减少不必要的风险和损失，但是在这个过程中需要注意的是委托具备从事税务鉴证业务资质的中介机构，比如注册税务师事务所等，要求这些机构在办理涉税鉴证业务时要依法履行职责，严守职业道德，按照税务机关的要求提供鉴证服务;要与办理涉税鉴证业务质量高、信誉好的中介机构进行长期合作，实现共赢。
