文物要保护，经济要发展，文物保护的要求与经济建设的需要两者往往是会产生矛盾的，怎么解决？这个问题一直是摆在文物工作面前的一个难题。
树立榜样
1995年在广州市电信局大院的建筑工地内发现南越国的大型石构水池，制作精工，由于遗迹极其重要，引起中央、省、市各级政府领导的高度重视，决定遗址原地原址保护，大楼易地兴建。正是广州市的领导站在“广州不缺高楼大厦，缺的是重要的历史文化遗迹”这一高度来看待文物保护和经济建设的关系，才把南越国宫署遗址保护下来，给全国树立一个榜样。
划出保护区
1997年，在南越国大型石构水池的南面又发掘出一条长约150米的曲流石渠遗迹，两者同属是南越国宫苑的园林水景遗迹，经国家文物局派出的多学科专家组论证，认定这处遗址是“目前我国发现年代最早的宫苑实例，是广州历史文化名城的精华所在。建议要切实做好对遗址的保护。这次论证会对广州的文物保护工作带来了积极的推动。先是广州市政府根据专家的论证意见和省、市各有关方面提出对遗址保护的建议，决定斥资1.9亿元赎回原计划兴建信德文化广场的地盘，接着又提出在遗址的周围划出4.8万平方米为文物保护区。1998年7月28日，广州市政府发布《关于保护南南越国宫署遗址的通告》，初步划出4.8万平方米为文物保护区，对一个历史文化遗址发布地方行政法规加以切实的保护，这在广州历史上尚属首次。
保护典范
广州市政府斥资1.9亿元赎回原计划兴建信德文化广场的地盘，接着又提出在遗址的周围划出4.8万平方米为文物保护区。1998年7月28日，广州市政府发布《关于保护南南越国宫署遗址的通告》，初步划出4.8万平方米为文物保护区。
发现南越国的宫苑遗址后，原广州市市长林树森同志又提出要在儿童公园内进行选点试掘，如发现有南越国的宫殿遗迹，就把儿童公园搬迁，由文物部门规划进行大规模的发掘。2000年在原儿童公园内试掘发现南越国的1号宫殿遗迹，广州市政府又出资3亿元将儿童公园迁出另址新建。
这些重要遗迹的发现都得到广州市委、市政府的大力支持，得到妥善的保护，较完满地解决了这一重要遗址在保护与建设方面的矛盾，得到了国家文物局的充分肯定，认为这是改革开放以来城市文物保护的成功典范。
重要意义
回顾改革开放以来的20年，广州文物事业进入了一个较快的发展阶段，取得可喜的成果，受到全国同行的瞩目。这得助于有经济基础，又有领导的重视加上群众的爱护和社会各界的支持，三者缺一不可。广州市政府为了保护好这些重要的历史文化遗迹，不但拿出巨资来保护，还愿意在繁华的商业中心地段划出4.8万平方米的范围为文物保护区，要是没有坚实的经济基础，是不可能有这么大手笔的。领导以文物工作的理解和重视，加上文物工作者的执著的专业精神与卓有成效的工作成果，坚定领导的信心，这又是一个很重要的因素，可谓缺一不可。为此有有人写文章认为：“南越国御苑遗址受到如此妥善的保护，这是它的幸运，也是民族文化的幸运，更是华夏子孙的幸运。”
景观开放
原定2011年7月开放的南越国宫苑“曲流石渠”遗址，还在封闭施工中。南越王宫博物馆馆长全洪解释，该保护展示计划面对的最大挑战是遗址区域地下水丰富的问题，如不采取得当措施，会导致文物本体浸泡在水中。为了让观众既能看到南越国宫苑的“曲流石渠”遗址原貌，又能感受2000多年前的园林风情，设计采用覆罩露明的方式原址展示。2011年4月，“曲流石渠”保护主楼主体结构的基建施工和部分内部装修已完成，但揭开临时保护回填土时发现，基坑渗漏水情况严重，文物本体浸泡在水中。随后，有关建筑结构、岩土、水文、地质、文物保护等多学科的专家和设计机构，多次对遗址现场进行勘查和分析论证。2012年以来，经过多次勘察设计并经国家文物局批复同意，遗址将进行综合治水工程，初步预计工程将于2013年年底前完成。随后将进行遗址开挖及室内装修工程施工，乐观估计，2014年年初“曲流石渠”遗址将全面开放。
世界遗址观察名单
世界历史遗址基金会于纽约时间2011年10月5日的新闻发布会上公布了“2012世界遗址观察名单” 。南越国宫署遗址入选。这份名单每两年公布一次，旨在提高人们对由于自然、社会、政治和经济原因而处在危险中的文化遗址的关注。
据南越王宫博物馆介绍，南越国宫署遗址因其典型性和历史文化价值而受到WMF的重视。WMF认为它“是秦汉时期的重要遗址，是中国近代最重要的考古发现之一”。南越国宫署遗址的入选，也反映出其面临的问题和挑战在国际上具有典型意义，主要可概况为以下几点：首先，遗址位于广州城市中心，在这个拥有1300万人口的大都市保留有如此珍贵的古遗址，凸显了城市化和遗址保护问题的尖锐矛盾。其次，遗址是广州两千年城市发展的中心，保留有13个历史时期的遗迹和遗物，是广州文化的精髓所在，具有无可比拟的重要价值，这在全国乃至世界都绝无仅有。再者，城市中心的大遗址保护存在不少技术上的困难，在国际上具有典型性。
