根据2016年3月研究所官网显示，中科院福建物质结构研究所研究生教育肇始于1964年，1978年恢复研究生招生制度后，成为国务院学位委员会首批批准有权接收培养博士、硕士研究生单位之一，是全国博士后管委会首批批准设立博士后科研流动站单位之一。博士后流动站2个，一级学科1个，6个博士点，6个硕士点，4个硕士专业学位领域。
一级学科：化学
博士后流动站：化学、材料科学
博士点：无机化学、物理化学、有机化学、凝聚态物理、材料物理与化学、生物化学与分子生物学
硕士点：无机化学、物理化学、有机化学、凝聚态物理、材料物理与化学、生物化学与分子生物学
硕士研究生培养点：材料工程、生物工程、光学工程、化学工程 在继承和发扬卢老团结、奋进、求实、创新的建所精神的基础上，
培育和引导职工树立：奉献精神、团队精神、科学精神、创新精神。 榕山碧，闽水清，我们创业在西河之滨。艰苦奋斗，披荆斩棘，为了理想，为了祖国，我们洒下一身汗水，我们捧着一颗红心。
榕山碧，闽水清，我们创造在西河之滨。原子团蔟，中华晶体， 为了理想，为了祖国，我们收获无数果实，我们享有无限欢欣。
榕山碧，闽水清，我们创新在西河之滨。科教兴国，团结奋进，为了理想，为了祖国，我们憧憬新的辉煌，我们再谱新的篇章。
啊，为了理想，为了祖国，我们憧憬新的辉煌，我们再谱新的篇章!
