对于玻璃缸壁上的污物，不是用一般的刷子都能刷得干净的。如果是在室内，除了单缩虫等固着类原子虫外，还有毛管虫、节台虫等也不易洗刷去，这就要先用0.7毫克/升硫酸铜处理，然后用刷子就比较容易刷去。如果是带鱼操作，则最好分2-3次进行，洗刷完后停止动水，让污物沉淀缸底，再抽吸走。
对于清理鱼缸底砂缝隙垃圾来说，只能用虹吸器来吸收脏物，当底砂污染严重时，就需要给鱼缸换水，同时将底砂倒出进行全面的清洗好消毒。
当然，为了减少清理底砂所带来的麻烦，在日常生活中，饲养者应该给鱼儿进行合理的喂食，减少鱼缸中食物残耳的堆积，这样也可以有效的防止底砂过快的被污染，以保证鱼缸中的环境卫生。同时，还要定期的给鱼缸进行消毒杀菌处理，来保证水质环境的健康和干净，饲养者可以选择有效的杀毒药液，去合适的分量洒在鱼缸中，让鱼儿进行必要的药浴。
