金陵是南京最雅致而古老的正式名称，一直沿用至今。其来历，一般认为因南京钟山在春秋时称金陵山而得名。公元前333年，楚威王灭越后，就在今清凉山上修筑了一座城邑。因为那时紫金山叫做金陵山，它的余脉小山都还没有自己的名字，楚邑建在清凉山上，而清凉山当时是金陵山的一部分，所以把此城命名为金陵邑。
唐代的《建康实录》明确记有楚威王是“因山立号，置金陵邑”，即用山名作为邑名。由于当年的长江还在清凉山的西麓下流过，金陵邑临江控淮，形势十分险要，所以楚威王选在这里置金陵邑，欲借长江天堑为屏障以图谋天下。金陵邑是南京历史上年代仅次于越城的第二座古城。从城区结构上看，它貌似小城堡；但从性质讲，已和越城迥然不同，它是一座具有行政区治所性质的占城，标志着南京设置行政区划的开始，也是南京称为金陵的发端。
金陵的来源还有另外一说，即埋金之说。相传金陵的名称是因秦始皇在今城北龙湾金陵岗埋金以镇王气而得。《景定建康志》记载：“父老言秦(始皇)厌东南王气，铸金人埋于此。”并说在秦始皇埋金的金陵岗曾立一碑，上刻：“不在山前，不在山后，不在山南，不在山北，有人获得，富了一国。”又传说秦始皇并没有真的埋金，而是诡称在山中埋金，这样，让寻金的人在山的前后南北“遍山而凿之，金未有获，而山之气泄矣”。这是秦始皇驱人凿断山脉破坏王气风水地形的计谋。
此外，还有楚威王埋金说，据说当时楚威王以为南京“有王气”，于是吩咐手下在今狮子山以北的江边(古称龙湾)埋金。《景定建康志》记载：“周显王三十六年(公元前333年)，楚子熊商败越，尽取故吴地。以此地有王气，因埋金以镇之，号曰金陵。”关于金陵的来源，还有一种说法是，南京地接金坛，其山产金，故名。
