一、银行代发工资业务主要由两种方式：
一种是由银行代发工资是通过代付业务的中间帐户（银行的内部户）进行的，委托单位必须按照银行指定的工资表格式制作工资磁盘，然后开具转帐支票、批量业务数据提交表，填一份进帐单将代发工资总额转入银行的代付帐户中，银行人员通过系统磁盘数据核对批量数据提交表金额、笔数是否相符，相符的话，表示代发成功；采用批处理用系统统一进行操作，如遇个别客户帐户已销户的话，大机不能处理，就会显示交易不成功的笔数、金额；
银行会打印一份代发工资入帐明细清单，清单上显示入帐金额、帐号、成功笔数、总额等等；你可以逐笔进行核对的；
另外一种是网上银行代发工资
网上代发工资主要是通过企业网上银行贵宾室企业财务室或付款业务企业财务室功能，实现公司向个人的资金划转。适用于有代发工资、代报销或向个人账户划转各类费用需求，且在工行开立基本存款账户或经当地人行批准可用于支取现金的其他账户的企业客户。它具有如下特点：
(一)操作灵活、方便快捷
网上银行企业财务室操作简单方便，超越时间、空间障碍，由企业自己掌握办理业务时间，随时随地享受银行方便、快捷的服务。
(二)批量处理、入账及时
企业如果通过网银贵宾室的企业财务室发放工资，工资将实时处理，实时入账;如果通过付款业务的企业财务室功能发放工资，银行一天有4个批次通过计算机自动进行处理，保证工资及时到账;财务人员可以及时打印工资入户明细清单和处理结果。
(三)信息保密、降低风险
相对传统的磁盘代发工资方式，减少了交接环节，提升了工资信息的私密性。除企业财务经办人员以外，对企业员工的工资，任何人都无法知道发放的金额(包括银行工作人员)，单位的员工可以通过个人网上银行点击账户查询功能下的查询电子工资单，轻松查询到本人的工资，避免纸质工资单的传递，从而降低了财务人员的工作强度，减少财务成本。
(四)交易安全、全国统一
企业在网上银行企业财务室发放工资、奖金，既可以避免领取、运送、保管现金所带来的安全问题，还可以避免发放领取现金发放工资、奖金出现的差错。
二、目前银行代发工资的数据(账号/户名/工资金额)处理多由企业财务先行处理,保送银行的.工资退回到公司帐户可能是一下几种原因:
1,你的帐户不是个人结算帐户,工资未能入帐(这种情况只有第一次由银行发工资时才会出现).
2,单位报送银行的工资发放清单账号出错,导致某一笔或多笔工资没有发放成功，工资退回公司账上。
3,单位报送银行的发放工资的账号被他人的账号替代,你的同事可能有人多发了一份工资(这种情况是经常出现的).事后发现问题，退回公司账上。
4.网上银行代发工资录入账号和名字有误。要姓名（账户）和账号相符才可以，不然打不出去钱会退回来的。
