重庆大学出版社分别设置了理工分社、科技分社、经管分社、社文分社、外语分社、电子音像出版社、国际合作部，营销中心 、物流部、书店（高校图书代办站）等部门，独资、合资建立了书源排校公司、博科乐图书公司、守望者图书公司，初步形成集团化发展雏形。 理工分社在原二编室和理工一分社的基础上创建成立，经过多年的市场调整和自身建设，已逐渐形成了特色鲜明的两大版块：职业教育和高等教育。
设有高教编辑室和职教编辑室：高教编室主要负责高等教育层次各专业的教材、专著及一般图书的策划及出版；
职教编室主要负责职业教育各专业教材及相关培训图书的策划及出版。
分社的教材主要涉及机械、电气、电子、光电、动力、冶金、材料、环境、数理化、生物、航空航天、通信等专业，一般图书主要包括汽车等方面。
直至2007年底，分社已出版各类教材及图书1000余种，其中普通高等教育“十一五”国家级规划教材42种，“十一五”国家重点图书出版规划项目1项（进城务工实用知识与技能丛书，共61种），获得国家、省市及地区各类奖励80余种次，在全国树立了较高的品牌认知度，形成了以出版理工类教材及一般图书为特色的格局，分社十分注重教材立体化资源的开发及配套，常年免费为师生提供教材的电子教案等资源。 发展方向：以艺术设计、休闲、社会科学研究方法及教育管理的教材及学术著作为主要出版领域。
机构设置：
综合编辑室：
承担社会科学研究生、本科生、职业技术教育教学解决方案（教材、教参、教辅、电子教案、电子教学资源）的一揽子综合出版工作，休憩休闲类的教材、一般图书及学术出版是一个新建立的出版方向。同时，组织人文社会学科学术著作、一般图书的出版，为广大学者和教师提供教学和研究方面的有效帮助。
艺术编辑室：
开发各个层次艺术设计类教学一揽子综合解决方案（教材、教参、教辅、电子教案、电子教学资源），同时，组织艺术设计研究方面的前沿理论作品的写作和出版。已经开发了“ 高等院校艺术设计专业系列教材 ”、“ 高职高专艺术设计专业教材 ”“ 环境设计专业丛书 ”、“ 艺术设计专业方法与实践系列教材 ” 及图书等近百个品种，在国内艺术设计教学领域具有广泛影响。
教育管理与社会科学研究方法编辑室：社会科学研究方法的出版，是社文分社最有特色的出版领域。该板块的出版将结合国内的现状，大规模、成系统地引进国外最有影响的研究方法类著作及手册、指南为主，解决研究者从开题到形成研究报告中的全部环节的应用问题，关注研究方法中的基本问题和难点，为学者和社会科学研究人员提供更加规范、更加丰富的研究方法服务。 重庆大学出版社外语分社是在原外语编辑室的基础上于2006年初成立的，主要承担外语类高水平学术专著和面向高等教育、职业教育、基础教育、幼儿教育等各层次学生需求的外语教材、教学参考书、教学辅导书，以及外语类普通读物、培训教材、工具书的出版工作；在以出版国内学者编写的作品为主的同时，积极开展国际合作与版权贸易，引进出版国外的精品图书。
外语分社崇尚出版物的高质量和高水平，联系国内外外语界众多的专家、学者，出版了一大批质量上乘的外语类系列教材和图书。其中《求知高等学校英语专业系列教材》等分别获得了国家级、省部级的各类奖项；两套国家课程标准教材《小学英语》、《高中英语》通过了教育部的审定；《大学英语系列教材》、《中专英语系列教材》等一版再版，深受用书单位好评。 重庆大学电子音像出版社是在重庆大学出版社电子音像出版部的基础上组建成立的。
2001年1月，重庆大学电子音像出版部成立，主要从事教材、图书配套光盘（CD-ROM、CD、VCD）、配套磁带（AT）以及网络出版物的出版、营销。
2004年5月，国家新闻出版总署以新出音（2004）673号文批复，同意设立重庆大学电子出版社，主要出版社会科学、科学技术和教育类的电子出版物。
2005年9月，国家新闻出版总署以新出音（2005）833号文批复,同意重庆大学电子出版社增加音像出版社权，重庆大学电子出版社更名为重庆大学电子音像出版社。
2008年，国家新闻出版总署以新出音（2008）53号文批复, 同意重庆大学电子音像出版社增加互联网出版权。
从2001年至2008年底，电子音像出版社与众多教学科研单位、软件开发公司、出版传媒机构建立了紧密的合作关系，并逐步形成了电子音像出版社以出版教育类电子音像出版物为主的特色。
直至2008年底，该社出版电子音像出版物已达200余种。已出版的电子音像出版物在市场上产生了较好的影响，具有明显的社会效益和经济效益。
音像出版物如《研究生英语综合教程》（1，2册AT），《大学英语自主听力》（1~4册AT），国家课标教材《高中英语》（1-8）AT，国家课标教材《英语歌曲欣赏》AT，国家课标教材《小学英语》（三至六年级AT）等；
电子出版物如《和码汉字输入法》， 《DV后期处理完全手册》，《巧学五笔—不背字根》，《手把手互动电脑课堂》系列光盘等。
与此同时，该社积极投入互联网出版，同时与北大方正电子有限公司、北京书生网络技术有限公司、北京超星信息技术有限责任公司、五车信息技术（北京）有限公司等合作，通过互联网已推出了2000多种电子书。 在多年开展国际合作的基础上，重庆大学出版社社于2002年8月正式成立了国际合作部。国际合作部在社务委员会的领导下，根据出版社的发展目标和国际出版的新形势，既负责全社对外交流与合作，又独立开展海外图书的引进与出版工作。
主要工作有：
1． 负责出版社图书版权输出的所有工作；
2． 为全社各编室引进海外版权图书提供服务、支持和指导；
3． 独立开展海外图书的引进、编辑与出版工作；
4． 开展与国外出版社、作者的直接合作，出版适合中国市场和国际市场的图书；
5． 负责出版社引进版图书的宣传推介工作，包括宣传资料的翻译与出版社网上英文版稿件的准备等；
6． 负责出版社版权贸易工作和对外合作交流工作文件的整理与归档工作；
7． 负责该社一切外事活动的联络、组织等工作。
根据出版社社国际合作的战略方针和定位，深入钻研国际出版知识，外出调研，开展网上调研工作、广泛结交国际合作伙伴。与麦格劳-希尔教育集团，培生教育集团，圣智学习出版集团，Sage出版社，Wiley出版社， 泰勒与弗朗西斯集团，牛津大学出版社，剑桥大学出版社，斯坦福大学出版社，美国心理学会，美国混凝土协会， 英国屋宇装备工程师协会，英国ICON Books，香港商务印书馆和中国台湾五南等国际知名出版集团开展版权贸易合作，引进图书版权超过百种，并开展国外承印业务；已向英国、中国台湾地区等输出图书版权。 重大书店隶属于重庆大学出版社，坐落于重庆大学A区校园内，位于逸夫楼图书馆斜对面，地处连接教学楼与学生宿舍区的主要干道。
书店占地经营面积近200平方米，营业厅分上、下两层：一楼主要经营外语类（含日、法、德等少语种）、考试类（英语四六级、考研及其它各类资格、等级考试辅导书）、社科类和工具书；二楼主要经营计算机、经管、数理化、机械、电子、通信、建筑环境、影视艺术、生物医学、英文原版（含引进版）、理工辅导和MBA等教材、教辅。本店还设有高教、清华、北大、人大、科学、重大等出版社专柜。书店共有近2万余个图书品种，数量近10万册。书店实行会员制，拥有校内外会员500余人。 重庆大学高校图书代办站，是重庆市至2006年底唯一一家高校图书代办站。1989年建站以来，该站以全国100多家大学出版社为主，与全国各类出版社建立了稳定的供货网络系统，汇集了适用于研究生、本科生、成人教育、大中专等各层次、各专业的教材、学术专著和一般图书万余种，为重庆市大中专院校教材、图书建设作出了积极贡献。
在学校有关部门和重大出版社的直接领导下，直至2007年底，代办站已具备相当规模，拥有办公用地和门市近200平方米，库房约300平方米，汽车一辆，已实现办公自动化、网络化。
