你说的是TV版还是剧场版的结局？
TV版是庵野教主没钱制作了随便按的结尾，描述的是碇真治心理的补完，就是说前24话都是虚构的，就像真治进了精神病医院，他父亲等人都是医生，给他做了一系列的心理暗示虚构了一个现实。结局就是真治自己找到了答案，也就是说病治好了，可以这么认为。
剧场版结局其实才是TV版的结局。人类作为18使徒最后对第3东京市发动总攻击，人类的目的是要让亚当和LILITH结合发动第3次冲击，使所有生命体失去AT立场而同化，一切还原成世界伊始的模样，当然抱有这个愿望的只有SEELE的老人们，老碇的也是想发动第3次冲击，但他的目的是一方面要和碇唯灵魂结合，一方面成为新世界的神。但人算不如天算，LILITH选择了老碇的儿子真治。真治是所有废柴男的始祖，嘴上说着不能逃避，实际上一直在逃避。LILITH和他灵魂接触，零波玲一再确认真治的愿望是什么，结果这只死鸭子嘴硬的说这个世界不容纳自己，干脆把这个世界毁灭好了，顺便把自己毁灭掉。于是LILITH发动第3次冲击，瞬间人类死光。然后在海岸，真治又发现人死光的世界并不是自己想要的世界，并对次感到恐惧，又希望一切还原，这个时候碇唯的灵魂为完成儿子的愿望展开AT立场脱离LILITH的结合，使LILITH死亡，人类补完计划彻底失败。最后真治和明日香躺在沙滩上，真治掐明日香是要确认她有没死亡（官方解释）。明日香给了他一个触摸，最后说了句“真恶心”而不是“笨蛋”，也就是说明日香成为了真治希望的人，能够理解宽容的对待自己。最后人类没有死光，在补完计划中失去AT立场变成LCL的人都能回来，碇唯说过：只要有想活下去的心，一切生物都能还原其本来的形态。
