分开写。
两者最大区别是目的不一样：入党自传目的是如实的反映本人历史和家庭情况，不得有任何隐瞒和伪造。入党申请书主要就是阐明为什么要入党。
入党自传主语写的内容如下：
基本情况
姓名，“曾用名”（系指在读书和工作期间曾经使用过的正式名字，按使用先后顺序写，偶尔使用的笔名、假名，不作为“曾用名”写）
性别
出生年、月、日。
籍贯。
出生地
个人成分（系指本人参加工作以前的个人社会成份），学生一般填“学生”。
文化程度（主要按学历写，或注明相当同等学历）
民族
职务
何时何地由何人介绍参加何种民主团体或进步组织。
现在家庭住址。本人经历（一般从七岁或开始上学开始，起止年月前后要衔接单位名称应写全称；所任职务应写具体职务，兼职较多要写主要的；证明人应写最熟悉本人情况的人或在一起工作的同志。）
何时何地曾受过何种奖励和处分。
本人有无参加过反动党团组织，有无参加过封建组织和宗教组织、有何活动，有无其他政治历史问题，结果如何，证明人是谁。家庭主要成员（主要写本人的父母或抚养者、配偶和子女以及和本人长期一起生活的人）的年龄、政治面貌、职业，现在何处工作、任何职务、表现怎样；有无政治历史问题等，他们对本人有何影响。
主要社会关系（主要写同本人有密切来往和对自己影响较深的亲戚、朋友）的年龄、政治面目、家庭出身、个人成分、政治历史情况、主要表现、现在何处任职，与自己有何联系，有何影响。
对中国共产党的认识，要求入党的经过和动机，对党章等党的基本知识的学习情况和体会 。
对党的路线、方针、政策的认识、态度和表现。
本人主要优缺点。
今后的努力方向。本人签名，注明写自传的时间。
入党自传要求绝对属实。入党申请书只要表达自己入党的愿望，并简单介绍自己的情况和对党的了解即可。
