联系：同属于国家统计部门，从事统计调查、统计数据加工整理、统计分析预测、统计信息咨询和统计协调管理等活动。
区别：
1、机构编制管理方面。政府统计系统在机构编制管理上以双重管理为主。国家统计局是国务院直属机构，负责组织领导和协调全国统计和国民经济核算工作。国家统计局派出的调查队是国家统计局派出机构，由国家统计局垂直管理。县级以上地方各级人民政府统计机构和乡镇统计员，负责领导组织和协调本行政区域内的统计工作，完成上级政府统计机构和当地政府布置的统计调查任务。地方各级政府统计局的正副局长由同级地方党委和政府管理，上级政府统计局协助管理。部门统计机构负责组织实施国家统计调查项目和部门统计调查项目，依法向政府统计机构报送基本统计资料。部门统计系统的机构编制和干部由部门自行管理。
2、业务管理方面。我国政府统计系统在业务上实行高度统一的管理。统计业务以上级统计机构领导为主，实行统一的统计标准。国家统计局派出的调查队在统计业务上由国家统计局垂直领导；国务院和地方政府各部门的统计机构或统计负责人，在统计业务上受国家统计局或统计地方人民政府统计机构的指导。
3、经费管理方面。政府统计系统的经费由中央财政和地方财政共同负担。县以上各级人民政府统计机构的统计事业费、国家统计事业编制的经费、国家统计局及其派出的调查队的各项经费，有中央财政拨付，国家统计局统一管理。地方各级人民政府统计机构的行政经费由地方财政拨付，基本建设投资由地方政府安排。部门统计系统的各项经费由部门自行安排管理。
