人类、星灵和异虫，这三个强大而风格又截然不同的种族之间再次出现冲突，并继续沿袭快节奏的即时战略游戏风格，书写星际争霸的新篇章。每股势力为了自己的生存都经过了重新设定，并且都加入一些新的单位，同时部分经典的单位也都进行了改良。
人族
人类算是Koprulu星区里比较新的移民了。数世纪前一批反对者曾被地球政府如同货物一般地装进移民船发射到太空进行了一次非常失败的长距离探险，人类正是这些人的后代。此次探险的生还者们最终建立了三个殖民星球同时也是人类空间的主要权利集团：联邦政府、Kel-Morian联盟、Umojan保护国。腐败无能的联邦政府在异虫的入侵所引发的骚乱中，被恐怖分子或者叫革命先锋的阿克图拉斯·孟斯克所推翻。人类帝国从旧联邦的灰烬中诞生了，由唯一的统治者Arcturus一世所统治。人类已经被迫适应了这个大部分都极为荒凉的星区，他们成为了生存的王者。由于既没有高度发达的科学技术做支撑，也没有强劲的身体素质为依靠，人类军队是由各种各样的单位混合而成的。从像陆战队这样虽然基础但有效的单兵到有着重装甲的战列巡洋舰，人类单位凭借着可靠的装甲、强大的火力和众多的数量以维持战线。人类军队在有着碉堡和攻城坦克支援下的防御作战中更是能大放异彩。
星灵
有着高度发达的科技和强大灵能的星灵人曾一度认为自己是宇宙中最强大的种族。但与异虫之间的战争却证明了另一点：即使是最为强大的战士也不能凭一己之力战胜数量如此之大的敌人。这个教训是很难令他们接受的，因为他们社会体制所依附的哲学基石已经毫无动摇和改变地延续了千年。然而，异虫对星灵家园艾尔的入侵已经将他们种族带到了一个十字路口：想要生存和胜利，就必须作出改变。新的战术和技术已经引入到对异虫的绝地作战中，而一批过去被星灵人所禁用的远古毁灭性武器也已被解冻。星灵一直就不是一个人口众多的种族，向来是以各式自动作战机械来弥补人数的不足。单个的星灵战士有着卓越的战斗技巧，同时科技与强大灵能的结合又极大地提高了他们的战斗力。但是，星灵必须利用机动性来突袭敌人以最大限度地发挥他们的特长并避免被拖入消耗战。其中，以他们由多舰种组合而成的舰队最为可怕，强大的火力足以将敌人轰回原子形态。
异虫
异虫是一个完全不同于人类和星灵的种族
他们的种群是由他们通过感染其他种族而组成的。为了达到异虫统治一切的目的，这些生物一经感染，就有选择的迅速进化为有效而致命的杀戮机器。异虫不需要利用科学技术来制造武器，装甲或者飞船。取而代之的是，这些功能都通过生物的适应性和有计划的突变而有效地实现。甚至于异虫的建筑物也是一些依附于巢穴附近不断生长的有机体的专门功能的器官。当异虫刚刚到达Koprulu星区时，他们还是由一个异虫的集体意识——主宰的绝对统治之下。主宰通过一些低级的意识体从根本上指挥着虫群里的每一个异虫的行动。首要的也是最重要的纽带就是脑虫，每一个脑虫被委托直接控制虫群的一个相当大小的部分。而宿主则是执行脑虫的命令，负责在巢穴和战场上直接指挥和控制大部分的异虫。尽管主宰的首要目的是要消灭高度进化的星灵种族并吸收他们的基因，不过它还是在人类身上发现了十分有用但尚未开发的东西。在感染了一个拥有强大幽能的人类，萨拉·凯瑞甘之后，主宰进化出了一个全新而独特的生物：刀锋女王。当主宰在入侵艾尔时被星灵摧毁后，刀锋女王操纵黑暗圣堂武士消灭了其余活着的脑虫，并最终统治了虫群。吉姆·雷诺
吉姆·雷诺，原隶属联邦。当异虫首次入侵玛萨拉时，他正担任该行星的行星总长。虽然他与入侵者进行了殊死搏斗，也拯救了无数生命，可结果却被联邦以曾于死水站“破坏联邦财产”的莫须有罪名逮捕。他随后为阿克图拉斯·孟斯克辖下的一支反联邦组织——克哈之子所救，遂选择协助该组织。
可是首领孟斯克对权力的渴望和对道德的不断选择性盲目很快令雷诺陷入了疑虑。此后，孟斯克背叛了他手下的中尉沙拉·凯瑞甘，并操纵异虫惨无人道地横扫了联邦世界。雷诺终于认识到，孟斯克其实并不比他要推翻的联邦好上多少。因此雷诺在克哈之子中发动了一场起义，并夺走了孟斯克的旗舰——休伯利安号，以及一整支小型舰队。当他前往查尔行星试图拯救凯瑞甘时，与英勇的星灵执行长塔萨达不期而会，并赢得了后者的尊敬。雷诺的坦率和忠诚也影响了塔萨达和黑暗圣堂武士泽拉图，使两人抛弃前嫌，成为了私交好友。
在此后的几场战役中，雷诺的部队一直与星灵并肩作战，并在后来粉碎地球联合理事会入侵行动的战斗中扮演了关键角色。命运的作弄使雷诺与孟斯克和刀锋女王（凯瑞甘被异虫主宰所改造而成的新存在）再次结成了临时同盟。虽然这两名暴君合力对付起了共同的敌人，但对于这个脆弱联盟来说，崩溃也只是时间问题。最后，凯瑞甘首先翻脸攻击友军，致使雷诺的不少弟兄死在她的背叛行径下。
雷诺侥幸逃过了这场屠杀，并发誓终有一天会为大家复仇。话虽如此，面对无尽的异虫虫群和刀锋女王本人强大的精神力量，他的机会微乎其微。最终，幻灭的雷诺只得重返人类领地，转而去遏制阿克图拉斯·孟斯克的权力和领土扩张。可是数年以来，他的斗争一直陷于低谷，阿克图拉斯·孟斯克用尽自己所有手段——辩才，媒体，宣传——来将雷诺的努力边缘化。
雷诺的游击队依然是人类帝国头号公敌。孟斯克将雷诺的存在视为对他权威的挑衅。不过，孟斯克也怕暗杀对方反而会令雷诺成为舆论上的烈士，因此他选择设法对Raynor和其追随者不断施以打击，不给他们任何修整和积攒实力的机会。
数年的小规模冲突，对比起帝国无穷无尽的资源来说几乎无所成效，在这个现实面前，雷诺的部队渐渐成为了他们往日荣耀的一个阴影。在这个黑暗的时期，雷诺也不得不选择偶尔接受雇佣委托，靠挣来的钱支撑修整和供养的开支。要支持他的全套班子继续运作下去，可能意味着未来需要接受更多此类委托。自由可不意味着免费。
如今雷诺的信仰似乎渐渐地被现实所吞噬：他开始酗酒，并认为凯瑞甘的转变全是自己的过错。他对阿克图拉斯·孟斯克的憎恨也积累成了一个不可愈合的脓疮。然而即使在这个雷诺的自我怀疑开始影响整个班子的时期，他手下的大副，玛特·奥纳，依然毫无保留地信仰着雷诺和他的革命。这几年来奥纳不畏辛苦，操持着组织的运作，坚信雷诺天生的英雄气概终会再次浮现，领导他们走向胜利。
虽然没有任何的背景和靠山，也没有经过任何的专业训练，雷诺却是一名杰出的领导人和战略家。他的能力全部来自于经验，所以不受任何“书本上”先入为主的对错概念所束缚。雷诺很少制定巨细弥遗的作战计划，却长于应变，并多次靠着手头仅有的东西逆转局势。
雷诺也是一个有过去的人。他结交了声名狼藉的囚犯提卡斯·芬得利。近二十年前的联邦/Kel-Morian联盟的行会战争中，两人共同服役于321号殖民地“天堂之魔”游骑营。他们第一次见面的原因是因反抗上级而在McIntyre营禁闭室的30天禁闭。
随后舞台转至玛萨拉战场，在一次针对Kel-Morian联盟领地的侦查行动结束后，两人都被列入失踪人员名单近九个月。战后，芬得利成为Kel-Morian联盟交换战俘的一员回到了联邦。很快以火线叛逃的罪名下狱。具体雷诺是怎么逃过同一命运还混到行星总长一职的尚不得而知。
泽拉图
泽拉图作为一个著名的黑暗圣堂武士，泽拉图是精通心灵力量的战士和杀手。他的先祖在大约一千年前自星灵的家园艾尔行星流放在外。黑暗圣堂武士们拒绝融入星灵共同的心灵链结，即卡拉之道中，他们更强调独立意识的发展。泽拉图拥有高阶教士的头衔，不过他更为人所知晓的事迹便是在异虫的威胁显露萌芽的时候，确保了星灵一族的最终幸存。
当泽拉图和执政官塔萨达在查尔行星上第一次碰面的时候，是泽拉图纠正了塔萨达的偏见，并以此为起点开始弥合在艾尔星的星灵与黑暗圣堂之间的裂隙。泽拉图又是第一个消灭异虫脑虫的武士，尽管在此之前，世间一般都认为脑虫是永生不死的。而最重要的是，是泽拉图伴随着塔萨达一起回到了艾尔，并立刻着手让分裂成两半的星灵一族重新联合，并且推翻了执行高压政策的仲裁议院。在虫族大军入侵艾尔期间，泽拉图和塔萨达并肩作战，试图摧毁异虫主宰。之后又随着异虫逐渐侵占整个艾尔行星，泽拉图又帮助星灵逃离这颗行星。当异虫大军尾随星灵难民到达黑暗圣堂的家园沙库拉斯后，泽拉图又参与了找寻失落水晶Khalis和Uraj的行动，而在这两颗水晶的作用下，星灵成功地激活了萨尔纳加神庙，一举扫清了入侵者。接着，当黑暗圣堂执政官Ulrezaj威胁要消灭那些“亵渎了”沙库拉斯星的来自艾尔的星灵时，泽拉图在粉碎Ulrezaj阴谋的过程中起到了关键性的作用。
但是泽拉图身上也承担了许多可怕的重负。在消灭虫巢脑虫Zasz的战斗中，泽拉图意外地和主宰建立了短暂的心灵联系。尽管他由此了解到了主宰不为人所知的秘密动机和计划，主宰也从他那里得到了艾尔星的位置，因此就埋下了艾尔毁灭的种子。此外，泽拉图和刀锋女王之间还有一段惨痛而漫长的过往。在主宰死后，刀锋女王试图控制所有虫族而消灭残余虫巢脑虫的过程中，泽拉图曾经不止一次被她所利用，而且每次都被她背叛出卖。
而作为刀锋女王阴谋的一部分，她还控制了泽拉图所敬爱的女族长Raszagal。泽拉图之后营救了女族长，但是他很快发现拉萨加尔已经遭受了无法挽救的腐蚀。他被迫悲哀的亲手杀死拉萨加尔以避免她继续沦为刀锋女王的掌中玩物。当死亡最终解放了拉萨加尔的灵魂之后，她感激泽拉图的举动，并指定他为黑暗圣堂的领导人。但泽拉图认为自己并不适合接受这个荣誉，而且他的灵魂也因自己过去的经历而伤痕累累。
此时，他正在处理一个更紧要的事务：尽快和那些从刀锋女王的背叛阴谋下幸存过来的星灵建立联系。他追踪着星灵的能量信号一直到达一个偏僻的卫星，因为他希望能够和这些同志联合在一起共谋大计。但他没有发现他的星灵族人，而见到了先前为女王效劳的间谍——迷一样的萨米尔·杜兰。他正致力于培养星灵和异虫的杂交生物。尽管泽拉图摧毁了整个培养设施，但杜兰声称这只不过是许多培养设置中的一小部分。而且杜兰还声称在无数个世纪中，他以许多名字混迹于世间各处，他也并不是效忠于刀锋女王，而是另一个“强大得多的力量”。泽拉图为自己所见到的一切深深困扰，带领着为数不多的追随者自我流放。他持续不断地搜寻着答案，他想知道杜兰的真实身份究竟是什么，还有，杜兰的所作所为到底会带来怎样的黑暗未来。
沙拉·凯瑞甘
沙拉·凯瑞甘作为一个被ArcturusMengsk从联邦手中救出来的幽灵，SarahKerrigan加入了theSonsofKorhal反抗组织。在表现出足够的勇气和成功运用各种战术后，Kerrigan成为了Mengsk的重要助手。
在AntigaPrime星的革命中，Kerrigan和JimRaynor(对她有着深切的同情，或者更深的感情)成功地消灭了当地联邦的主要力量，解放了殖民地。但是随着局势的变化，一种叫做异虫的外星生物入侵了这个星球。Mengsk企图利用这种局势，他命令Kerrigan将幽能发射器（从联邦偷来的一种可以指引星球间异虫的装置）放置在联邦基地。异虫蜂拥而至，荡平了联邦军队，Kerrigan离开的同时看着由她引起的这场屠杀，对自己充满了厌恶感。
TheSonsofKorhal的下一个目标是进攻Tarsonis（联邦首都）。在击败了联邦军队后，Mengsk却下令在Tarsonis上安置幽能发射器。于是无数的异虫到达了这个星球，为了消灭这场虫灾，星灵开始介入了。眼看着局势要发生转折，Mengsk交给了Kerrigan一个自杀式的任务——保护异虫的蜂巢不被星灵攻击，最终她完成了这个任务。但是，在请求紧急撤退之后，Kerrigan却发现自己已经被Mengsk丢弃在了这个星球上。也许Mengsk利用、了解了Kerrigan的力量后，认为她将会是他今后计划中的巨大威胁。事后，JimRaynor和他的部队脱离了theSonsofKorhal。
Kerrigan被异虫捕获了，包在一个保护茧内被运送到了Char星。在茧中如同梦魇般的日子里，Kerrigan慢慢进化成了异虫的强大武器——刀锋皇后。她利用心电感应向JimRaynor求救。不幸的是，JimRaynor的动作太慢了。刀锋皇后已经破茧而出。
刀锋皇后冰冷地凝视着她的“救星”。她再也不是曾经那个Kerrigan了；她的身体已经发生了显著的变化：有着保护壳一样斑驳的皮肤，如同群蛇般的头发，还有一对骨翼（用作格斗武器）。只有她人类的体型，相貌，说话的能力，人类的智慧，心灵能力，和以往的记忆留存了下来。因为Raynor并没有对她造成什么威胁，她让他安然无恙的离开了。
Kerrigan服从于主宰，她可以表达自己的想法，但是她的思想像其他异虫奴仆一样被牢牢的控制着——主宰相信她勇武的精神可以给整个虫群做出表率。在她得到新生后不久，刀锋女皇要求让她潜入一艘人类的科学船——Amerigo，去进一步探明人类训练幽灵的秘密。随后，Kerrigan又习得了很多技能，例如心灵风暴，并且她还能够在Char星上感应到星灵的存在。她感应到了Tassadar的所在并去追杀他，但这只是Tassadar为了将她的注意力从星灵的黑暗圣堂武士Zeratul身上引开而设定的一个计谋。结果，Zeratul刺杀了一个名为Zasz的脑虫。但是当Zeratul的幽能刀刺伤到Zasz时，主宰通过这次接触感应到了星灵的母星Aiur星的位置，然后遣送异虫的主力部队入侵了Aiur星。Kerrigan则留在了Char星上来对付剩余的星灵和Raynor的部队。在入侵Aiur星期间，主宰被杀死了，Kerrigan开始获得大部分异虫部队的控制权，并且策划着一场针对Tarsonis事件的复仇。
在母巢争霸中，刀锋女皇已经控制了异虫的大半部分力量。Daggoth和其他的脑虫，看到自己正在失去对虫群的控制，便合体组成了一个新生主宰。Kerrigan来到了遥远的黑暗圣堂武士的家园Shakuras星，通过感染，控制了黑暗圣堂武士的女领袖Raszagal，她操纵着Raszagal，声称她没有被主宰控制，然后提议组成一个联盟来猎杀她在虫群中的竞争对手。最后，所有拒绝接受Kerrigan领导的脑虫都被干掉了。但是Zeratul无论如何都不能信任她，并拒绝刺杀新生主宰。
Kerrigan要利用刚加入战场的地球联邦军控制新生主宰的计划来铲除所有竞争对手，她游说Mengsk，Raynor和星灵的Fenix组成了一个联盟。Kerrigan在地球联邦军的内部还留有一个名为SamirDuran的卧底，他也同时在从内部破坏地球联邦军。在Korhal星的一场胜利之后，刀锋女皇背叛了她的盟友——当他们正在休整的时候，她攻击了盟友的军队，并杀害了Fenix和Mengsk的大将。
之后不久，Kerrigan在Shakuras星“抓获”了Raszagal，并要挟Zeratul——如果他不去刺杀新生主宰，他将再也不会见到他的领袖。在这两难之间挣扎了许久之后，Zeratul最终还是同Kerrigan刺杀了新生主宰和剩下的脑虫。不幸的是，Kerrigan已经完全控制了Raszagal，这个黑暗圣堂武士的领袖自己拒绝同Zeratul离开。Zeratul于是将Raszagal囚禁在一个监牢中，希望能够医治好她。不久，Kerrigan带着她的部队打破黑暗圣堂武士的防御，与Zeratul在监牢前相遇了。在看到Zeratul绝望的杀掉Raszagal之后，Kerrigan将Zeratul放走了，她要看着他在悲痛和自责中纠结。
在母巢争霸的最后，刀锋女皇面对的是攻向Char星的地球联邦军，星灵舰队和Mengsk的部队所组成的最终复仇势力。结果又一次，Kerrigan所领导的异虫完全扫平了所有的敌人，这使得Kerrigan成为了世界上最强大的领导者，她的仇恨，她的恐怖，为异虫这个种族在战争中取得了优势。
