性能方面：相比iPhone 5S，全新iPhone SE提升最大的莫过于性能，全新iPhone SE搭载全新苹果A9双核处理器，2GB内存，性能相比搭载苹果A8处理器，1GB内存的iPhone 5S提升超过70%，并且功耗还更低。安兔兔公布了iPhone SE 64GB版本的跑分，搭载了A9处理器的它，分数直接飙到了13.4万，不能得知iphone SE的CPU性能完全和iphone6S一样，是iphone5s的两倍。
外观方面：iPhone SE在很大程度上可以看作是iPhone 5S的升级版，屏幕尺寸和机身尺寸基本保持一致，iPhone SE外观设计和iPhone 5/5S如出一辙，铝合金机身，背部上下为玻璃材质，背部LOGO则是不锈钢材质，外观区别几乎微乎其微。如果要说比较明显的外观区别的话，那就是iPhone SE新加入了玫瑰金配色，这是iPhone 5S所没有的
特色功能对比：特色功能方面，iPhoneSE开始支持苹果最近刚刚推出的Apple Pay，因为加入了NFC的支持，这属于意料之中，并且应该是苹果此次更新5s的重要因素之一。至于在支付时常会用到的Touch ID指纹识别按键是延用了iPhone5s的版本还是同样采用了最新的与iPhone6s一样的版本，苹果并未特意提及。
拍照方面：拍照方面，iPhone SE摄像头升级为后置1200万像素，相比iPhone 5S内置的后置800万像素摄像头，单个像素1.22微米，光圈f/2.2，支持Focus Pixels自动对焦，支持LivePhoto。摄像头规格提升还是十分明显的，拍照方面自然会有出色表现。
续航与网络对比。续航方面，iPhoneSE的续航相比5s有所提升，甚至优于iPhone6s的续航能力，这是可以预料的，因为其配置与iPhone6s几乎相同，但最耗电的硬件“屏幕”更小，所以更加省电很容易理解，只不过目前我们还不清楚其电池容量具体是多少；不过既然已经基本知道续航情况，电池容量多少也不重要了。
总结：从iPhone SE和iPhone 5S全面对比来看，新全新iPhone SE主要优势在于新增玫瑰金配色，性能与拍照有所提升，此外还新加入了Live Photo和Apple Pay功能，带来更好的用户体验。如果抛开价格不说，iPhone SE无疑要比iPhone 5S更好。
具体对比图：
