MIT(麻省理工学院)是一所世界名校，但是在二战前它井没有今大的学术地位，它的发展同该校的林肯实验室(LincolnLaboratory)的发展是分不开的。二战期间，MIT获得了来自五角大楼的巨额资助，其中MIT的辐射实验室(即后来的林肯实验室的前身)从事雷达方面的研究，取得了很大成果，井且带动了其他工程和理论学科的飞速进步。20世纪50年代，林肯实验室又获得了来自美国空军的大量经费，井以此为契机进行了早期电脑网络的研究。林肯实验室位于莱克星敦，远离MIT的主教学区，从事很多保密的军工研究，这为它平添了几分神秘色彩。不可否认，由于林肯实验室成功获得了军方的支持，也推动了MIT整个学校的发展。目前林肯实验室每年获得的经费是3.4亿美元，其中大部分来自军方。
熟悉二战历史的人一定都知道著名的洛斯阿拉莫斯国家实验室(Los Alamos NationalLaboratory),在著名科学家奥本海默的领导下，它制造出了世界上第一枚原子弹。该实验室位于新墨西哥州首府圣塔菲西北56公里处，成立于1943年，当年是曼哈顿工程的一部分。该实验室发轫于曼哈顿工程，和核工程也结下了不解之缘。但是该实验室经过这么多年的发展，在其他学科领域，如计算科学、生物科学等领域内也取得了不俗的成果。洛斯阿拉莫斯实验室的一个特点是同工业界开展广泛合作，另一个特点就是和加州大学紧密合作，目前有6800名员工来自加州大学。洛斯阿拉莫斯实验室的年度经费达到了惊人的12亿美元。
美国能源部拥有多个国家实验室，其中著名的还有布鲁克海文国家实验室(BrookhavenNational Laboratory)。这个实验室成立于1947年，位于纽约的长岛，以其在能源领域的研究而闻名。布鲁克海文实验室拥有3000名雇员，每年还接待全球的超过 4000名科学家的访问。布鲁克海文的年度研究经费超过4亿美元。
