《地心历险记2》故事取材自凡尔纳（法国小说家、博物学家，科普作家，现代科幻小说的重要开创者之一）的另一部小说《神秘岛》，讲述肖恩的爷爷神秘失踪，肖恩被迫和妈妈的男友一起前往一座小岛去寻找他。《地心历险记2》紧接着第一集展开，17岁的肖恩·安德森收到一组发自无人知晓的神秘岛的密码求救信号，[1] 他和继父汉克以及铤而走险的直升机驾驶员嘎巴托和他美丽坚强的女儿凯兰尼一同踏上了南太平洋之行。他们到达了最终目的地——一个风光旎丽、有着各种珍禽异兽和金山火山的小岛，其实，那组求救信号，就是发自肖恩的爷爷亚历山大，他们要带着亚历山大一起逃出神秘岛……
