剧情开篇并没有指挥官存在，当时玩家的身份是以M4A1的视角展开的，玩家=M4A1，根据剧情可以知道整个战场是M4A1在指挥，并且开场是没有实际战斗操作的，你的操作完全是跟着剧情在走。
顺带一提，AR小队的直属指挥官是格里芬16LAB的首席研究员帕斯卡，AR小队号称格里芬最强的战术人形小队。开场动画是讲述AR小队前往一处废墟收集某个重要情报（根据5图和0图的剧情可以得知是一个名为“伞计划”的情报和一项武器系统，该武器系统关系到全体战术人形的存亡），但在回收情报后遭到铁血重工的精英人形“代理人”的袭击，AR小队暂时击退代理人后在其他格里芬小队的掩护下撤退，但格里芬小队被前来增援的多个代理人全歼，数个人形被捕（蝎式VZ61、英格拉姆MAC10等），AR小队按B计划行动，由M16A1、M4 SOPMODII和ST AR-15分头行动引开铁血部队，让M4A1有时间返回格里芬并将情报送回帕斯卡手里。
在M4A1逃亡途中，两个铁血精英人形“稻草人”和“刽子手”同时追杀M4A1，而在玩家指挥格里芬小队击溃了刽子手（通关2-6）后M4A1被玩家回收并带回格里芬，成为玩家的战术人形（四星），M4A1回归后玩家便在帕斯卡的要求下开始了救援其他AR小队成员的行动，在3-3，玩家能救援到M4 SOPMODII（四星），在3-6，因为ST AR-15被俘后在铁血指挥室引发了铁血部队的混乱，所以玩家成功击溃3-6BOSS“猎手”并救回SR AR-15（四星），而在4-6，玩家击溃BOSS后，M16A1大姐头（四星）也被玩家回收，至此，AR小队全员回归格里芬S09区接受玩家指挥。
