学院整合原三个校区的上海健康职业技术学院(护理系、医疗系、生物医药系、公共卫生系)、上海医疗器械高等专科学校(医疗器械工程系、医学电子与信息工程系、医学影像工程系、管理系)、上海医药高等专科学校(护理系、检验技术系、眼视光技术系、口腔技术系、药学系、临床医学系），组建10个二级学院，分别为临床医学院、护理学院、康复学院、医疗器械学院、医疗技术学院、医学影像学院、药学院、健康信息技术与管理学院、基础医学院、文理学院和思想政治理论教学部。 学院本科专科临床医学院临床医学（本科）临床医学（乡村医生）临床医学（院前急救） 护理学院护理学（本科）护理助产康复学院康复治疗学康复治疗技术康复工程技术医疗器械学院生物医学工程精密医疗器械技术
（医用电子仪器方向） 医疗器械维护与管理
（医疗器械检测技术方向） 医疗设备应用技术
（医学检验仪器方向） 精密医疗器械技术
（精密医疗器械方向） 医疗器械维护与管理
（临床工程技术） 制药设备应用技术医学影像学院医学影像技术医学影像设备管理与维护医学影像技术放射治疗技术医学技术学院医学检验技术生物技术及应用医学检验技术医学生物技术医学营养口腔医学技术医学检验技术眼视光技术口腔修复工艺 药学院药学药学药剂中药学食品药品监督管理(药品监管)生物制药技术健康信息技术与
管理学院 卫生信息管理计算机网络技术(远程医疗) 医疗器械制造与维护市场营销(医疗器械营销)国际教育学院护理（中美合作） 基础医学院文理学院思想政治理论教学部继续教育学院附属卫校附属医院周浦医院第六人民医院南院第六人民医院东院嘉定区中心医院浦东新区人民医院学校展望
未来的上海健康医学院以本科教育为主，以医学及医学相关类专业为主体，临床医学应用技术、公共卫生等多专业综合发展，立足上海和长三角地区，服务全国。学校坚持医教结合、医工结合的办学方针，不断完善“校企医监研五方联动”合作育人的人才培养新模式，参照国际化医学技术人才培养标准，培养基础扎实、医德高尚、医技娴熟、医患和谐的医学及医学相关类高水平应用型人才。到2020年，全日制在校学生规模预计达到12000人（其中研究生2000人，本科生10000人），依托高水平专业师资队伍，学校将发展成具有独特的核心竞争力、国内外知名的医学类应用型本科院校，为我国医疗卫生和人类健康事业做出新的贡献。
