1．当事人之间权利义务的关系不同
合作开发合同，双方当事人享有和承担着类似的权利和义务；委托开发合同，双方当事人之间的权利义务是相对的，委托人的主要义务也就是开发人权利，而开发人的主要义务即委托人所享有的权利。
2．当事人进行研究开发工作的方式不同
合作开发合同的当事人共同参加研究开发工作，当然各方可以共同进行全部的研究开发工作，也可以约定进行分工，分别承担不同阶段或不同部分的研究开发工作；委托开发合同的当事人一方进行物质投资和经费投入，只有一方从事研究开发工作。
与此相联系，二者的合同主体也不同。合作开发合同的当事人各方都具有研究开发能力，而委托开发合同的当事人，一般只有一方具有科研能力。
3．研究开发成果归属不同
合作开发合同，当事人订立合同的目的是相同的，即取得研究开发成果，因而研究开发取得的成果是共有的；而委托开发合同研究开发成果是归委托人所有。
