1、性质不同
工程总承包是企业对工程项目的可行性研究、勘察、设计、采购、施工、试运行等进行全过程的承包。施工总承包，是指施工单位仅对施工任务(一般指土建部分)的承包 。其他阶段的承包任务由建设单位发包给其他的承包单位负责。
2、工作程序不同
工程开展程序不同施工总承包模式的工作程序是：先进行建设项目的设计，待施工图设计结束后再进行施工总承包投标，然后再进行施工。而如果采用施工总承包管理模式，施工总承包管理单位的招标可以不依赖完整的施工图，当完成一部分施工图就可以对其进行招标，施工总承包管理模式可以在很大程度上缩短建设周期。
3、合同关系不同
施工总承包管理模式的合同关系有两种可能，即业主与分包单位直接签订合同或者由施工总承包管理单位与分包签订合同。而采用施工总承包模式时，由施工总承包单位与分包单位直接签订合同。
参考资料：百度百科-工程总承包
参考资料：百度百科-施工总承包
