与1999版施工合同相比，2013版施工合同的特点主要体现在五个方面：
一、增加了8项新的合同管理制度。2013版施工合同借鉴国内外相关合同文本的成功经验，在通用条款中增加了双向担保制度、合理调价制度、缺陷责任期制度、工程系列保险制度、商定或确定制度、索赔期限制度、双倍赔偿制度、争议评审解决制度。
二、调整完善了合同结构体系。一是合同结构体系更为完善，权利义务分配具体明确，有利于引导建筑市场健康有序发展；二是建立了以监理人为施工管理和文件传递核心的合同体系，提高施工管理的合理性和科学性。
三、完善了合同价格类型，适应工程计价模式发展和工程管理实践需要；增加了暂估价的规定，规定了暂估价项目的操作程序。
四、更加注重对发包人、承包人市场行为的引导、规范和权益平衡。一是重视合同文本的指引和指导作用，在通用合同条款和专用合同条款的设置上充分尊重发承包双方的意思自治；二是增加了防范阴阳合同、违法转包、违法分包和挂靠的内容，有利于促进建筑市场的有序健康发展；三是细化了暂停施工条款，有利于避免因工程暂停导致发包人和承包人双方权益受损；四是更加合理平衡发包人和承包人的权利义务。
五、加强了与现行法律和其他文本的衔接，保证合同的适用性。
在法律层面，2013版施工合同在施工合同的项目管理、质量管理、安全生产管理、职业健康保障和工程担保等条款中充分体现了《建筑法》、《合同法》、《安全生产法》、《劳动合同法》、《物权法》以及《招标投标法》等法律的精神。
在行政法规层面，2013版施工合同在具体约定双方当事人权利义务方面体现了《建设工程质量管理条例》、《建设工程安全生产管理条例》、《民用建筑节能条例》等相关规定，同时还在一定程度上反映了《建设工程勘察设计管理条例》、《招标投标法实施条例》等法规的精神。
在部门规章和政策方面，2013版施工合同在施工合同结算、保修等条款中体现了《建设工程价款结算暂行办法》、《房屋建筑工程质量保修办法》、《建设工程质量保证金管理暂行办法》等部门规章规定，在计价模式上兼顾了《建设工程工程量清单计价规范》的要求。
另外，为了保证2013版施工合同的适用，充分借鉴了FIDIC合同文本及现行国家有关部委发布的合同文本等特点。2013版施工合同在保证文本内容的适用性和特殊性的基础上，在内容和适用范围上较好地考虑了与其他现行合同文本的衔接，同时有适度的前瞻性，并且在文字处理上，力求文本表述简练、通俗易懂、全面系统、有机统一。
