土地确权面积与二轮承包面积不符的，根据农业部等6部门《关于开展农村土地承包经营权登记试点工作的意见》（农经发[2011]2号）规定，对实施农村一轮、二轮土地承包时，因耕地土质、地力、远近以及农业税费等因素，采取将地力等级较差耕地，按一定折扣比例折算后分配，造成实际承包面积小于合同和证书法定面积的承包地，应依据农村二轮承包合同、证书和台账等法律文件约定的承包地四至边界和空间位置，采取科学的测绘技术，以标准亩为计量单位，查清承包地实际面积，并依据实测面积，重新签订合同，更换承包经营权证书，办理承包经营权登记簿变更登记。
但不论实测承包地面积大于或小于二轮承包合同和证书登记承包地面积，都应依据本次土地确权查实结果据实登记，不得随意调减或调增农户承包地面积。
