阿里巴巴的合伙人制度与双重股权制度不太一样，二者的主要区别在于：
在上市之初，采用双重股权结构的公司内部人士可以控制整个董事会，公众股东不会获得任何实质的权限。
而阿里巴巴28个合伙人将有权力任命董事会的大多数成员，如果董事候选人遭到股东反对，合伙人可以重新提交候选人名单。阿里巴巴的少数董事将由除了合伙人之外的大多数股东推选。
如此一来，合伙人如何退出和更新便相当重要，有知情人士称，阿里巴巴的合伙人是“自我更新的（self-rejuvenating）”。
推选新的合伙人需得到所有合伙人75%的投票支持，而罢免合伙人则需要得到所有合伙人51%的投票支持，而这些多数董事的更新都不需要与股东进行商议。
Ronald Barusch在华尔街日报撰文分析认为，
阿里巴巴的合伙人制度将抑制积极投资者出现的可能性，积极投资者可能以获得公司董事会少数席位为目标，但如果少数董事的权限较小，积极投资者夺取董事席位的必要性就大大降低。
在合伙人是否可以出售控股权套现的问题上，有消息称，在涉及到阿里巴巴控制权变化的交易中，合伙人将无权获得任何特殊的补偿。不过这一协议可以在75%的合伙人投票支持的情况下进行修改。
从对股东的影响来说，合伙人制度与双重股权结构并没有那么大的区别，从某些角度来说合伙人制度对于股东更有利。
Ronald Barusch也提到，双重股权结构的一大优势是公司在招股说明书中列出了控股股东的身份，同时，拥有超级投票权的股份转让后一般会自动转化为低投票权股份。因此随着股权交易的增多，超级投票权股份的数量可能会下降。
总而言之，合伙人制度和双重股权结构各有其利弊，就阿里巴巴采用合伙人制度上市来说，至少在其IPO后的很长一段时间内，股东都将无权更换管理层或强制出售公司。
