8千年前南澳岛上就有人类生活。
西汉元鼎6年（前111年）南澳归南海郡揭阳县管辖。
南澳岛本为闽越地，后秦汉为了削弱闽越，将其划给南越管辖， 南朝梁朝普通四年，西元523年，划入东扬州，划入福建，南澳岛全属福建。南朝陈，继续划入福建。隋文帝开皇十一年（591年），全国撤郡设州，义安郡翌年，改名“潮州”。隋朝开皇十二年(西元592年)，潮州划入福建，那时潮州叫义安郡。唐贞观三年，西元629年再次划入福建，隶属江南道福建经略史。唐朝中期时潮州汕头一带曾经隶属福建，属闽州都督府、福州都督府和福建节度使等，南澳岛全属福建，明万历三年（1575年），南澳岛分属福建，广东，设南澳副总兵，即“协守漳潮等处驻南澳副总兵”，分广东、福建两营。 清康熙二十四年（1685年）升设南澳总兵，管辖闽南、台湾、粤东海域军事，南澳岛仍然分广东、福建管辖。直到1914年，南澳全岛才划给广东。
明万历三年（1575年）诏设南澳副总兵，分广东、福建两营。
清康熙二十四年（1685年）升设总兵。
清雍正十年五月丙子（1732年6月12日）设饶平县南澳厅。
民国元年（1912年）7月改南澳厅为南澳县。
1914年10月，全县原由广东、福建分治划归广东省管辖。
1918年2月13日，南澳大地震，深澳县城夷为平地。
1927年，县城从布袋深澳移至隆澳（后宅）。
