公鼠和母鼠的分辨方法主要是通过其肛门和生殖器的距离来判断的。
辨别性别就得看生殖器距离肛门的远近，公的，离得远，母的，离得近。而且公的在腹部还有香线，很好辨认的。
公的：有睾丸( 肛门下有红红的两粒、有垂屁股特征，肛门上方约1~2公分(成鼠40天大)有突起之生殖器(阴茎)。屁股尖尖的，呈倒三角形的是公的。
母的：肛门上方一公分没有明显之突起生殖器，因阴道与尿道很接近。
公仓鼠的臀部一般比较大，又红又肿;母仓鼠的臀部一般呈倒三角形，肛门小而闭拢。个别则可以看到有圆状物体。
母鼠的生殖器和肛门的距离比较近，公鼠生殖器和肛门离的距离比较开，另外成熟的公鼠会有突出的睾丸，黄金鼠、沙鼠、通心粉鼠 会非常明显，枫叶鼠比较不明显。
但大多数人都是从小鼠开始养，小鼠因性器官没那么明显，所以不好区分，在此提供一种方便的分辨法：小公鼠因生殖器和肛门距离远，所以在两点间会有毛;小母鼠因距离近，所以两点间会没有毛。只要仔细辨认，一般情况下还是能正确辨别的。
