这里其实是要看你们之前如何签的合同的。因为正常情况下，的确有某些员工有特殊情况，公司需要考虑。而这些，肯定是要白纸黑字体现出来的，这是双方约定的一个体现。但一般情况下，上下班这种的交通补助公司肯定是不负责的。像这种人在外地来本地应聘上岗或者本地员工短暂的长期派遣至外地工作，通常情况下，都是前几个月会有额外的补助，用于给员工搬家或安置用。你可以从这方面入手试试。
针对您的补充我也把答案完善一下。具体的文献您可以自行搜索：《关于企业加强职工福利费财务 管理的通知》（财企〔2009〕242 号）和《关于企业工资薪金及职工福 利费扣除问题的通知》（国税函 〔2_3 号）。
概括来说是企业应支付给员工的费用包括工资、津贴、补贴五险一金和福利费等，但是关于福利费只有上限规定没有下限规定，也就是说企业不发你也不能说什么。
然后纠正一下您的一个概念：生活补助和来回路费是属于津贴或者补贴范围，而不是福利。所以我上面才说，这钱企业是应该出的。但是这里面很容易扯皮，举个例子：我说我给你每月5000块钱，包吃住，你来给我干活吧。听起来很不错对吧？但其实是我有很多细节都没说，这5千是税前还是税后？您是在工地对吧，劳保产品怎么算？五险一金怎么交？等等等等。这些其实都需要一开始说好，然后白纸黑字写下来签字画押。不然后期口说无凭的。
最后具体回答一下您的两个问题：
1，生活补助方面，我不清楚您指的是什么哈（因为看您这个情况明显是很多细节没有明确的）。
——如果是包吃住这种，然后您公司也的确承担了，那么他扣了也就没什么好说的了；如果公司没有承担，那么既然之前说了有但现在说不给了，这是不对的，公司应该出。
——如果是其他你在工作现场的所需，比如小工具、牙刷牙膏等劳保产品，同上。
——如果只是为了“避税”而说的那种‘工资明面开你3千5，剩下的我私下给你’的这种补助，那你……试试看市长求助电话吧。
2，来回路费这个，逢年过节公司总会发点过节费之类的补贴+福利费用，为了笼络人心。但目前没有规定或法律说是这种费用由公司承担，因为这不是出差，因此虽然您花了很多钱，但公司没有义务给你报销。我的建议是：解决第1条的时候顺便提及，尽量争取。
