论文中的引用是要被算入重复率的。
论文重合度是学术论文在内容上的相似或重合程度，通常用来检测论文是否抄袭，一般高校将重合度30%以上定为抄袭的文章，即论文审核不通过。
首先，引用算不算抄袭，与标注出处没有任何关系。所有这些都靠系统的阀值来决定。该套检测系统的灵敏度设置了一个阀值，该阀值为3%，以段落（或章节）的字数来计算，单篇文献低于3%的抄袭或引用是检测不出来的。
举个例子：假如检测段落1（第一章）有10000字，那么引用A文献300字（10000乘以3%=300）以内，是不会被检测出来的。若引用B文献超过300字，那么B文献分布于第一章中的抄袭都会被红字标注，不管位于第一章何处，即使打断成句子，只要超过20字就会被标注。
“大学生论文抄袭检测系统”引（简称PMLC）由清华同方知网自主开发。 大学生论文抄袭检测系统”（简称PMLC）2010年8月“正式发布，它将全面应用于高等院校的日常教学，帮助高校检查学生论文、作业中是否存在抄袭剽窃行为。
