吉林农业大学是吉林省唯一一所重点高等农业学府，它是由北安农业学院、长春畜牧兽医大学、长春农学院筹备处、长春农业机械化专科学校、吉林特产学院等院校先后合并成立并发展壮大起来的。
1956年7月，国务院、中央军委决定将中国人民解放军兽医大学全体职工集体转业到地方，改名为长春畜牧兽医大学，设有畜牧、兽医和军事兽医三个系。1957年8月，中央农垦部将长春畜牧兽医大学迁移交给吉林省领导。在此期间，黑龙江省和吉林省，也在酝酿将北安农学院调整给吉林省。基于这种情况，吉林省人民委员会决定于1956年4月组建的长春农学院筹备处暂时不招生，并向中央报告，请求将北安农学院拨给吉林省与长春畜牧兽医大学合并，成立长春农学院。1957年10月28日高教部和农业部联合报请国务院批准将北安农学院调整给吉林省，与长春畜牧兽医大学合校，成立吉林农学院。并争取于1958年暑期进行迁校，1957年11月12日，国务院、中央高教部、农业部先后批复：“北安农学院与长春畜牧兽医大学合并，成立吉林省农学院。”1958年4月初，顺利完成了从北安到长春的迁校任务。 1959年1月，经农业厅报请省人委批准，将长春农业机械化专科学校并入吉林农业大学，改为吉林农业大学农业生产机械化系，并附农业机械化学校。长春农业机械化专科学校改为农机系。1960年3月，经省政府批准又将农机系从农大分离出去，交由省农业机械局主管，该为长春农业机械学院。1961年3月，省委省政府根据中央提出的“调整、巩固、充实、提高”的方针决定将长春农业机械化学院再度并入吉林农业大学，改为吉林农业大学农业机械化学院。1961年4月省委决定将吉林特产学院并入吉林农业大学，改为吉林农业大学特产学院。1962年8月，吉林农业大学特产学院改为特产系。不久“文化大革命”即开始，吉林农业大学蒙受动乱迫害之苦。直到1978年3月，吉林省革命委员会决定恢复吉林农业大学。
1978年6月学校开始全面回迁到吉林农业大学校址—吉林省长春市。
